Jooksvad projektid

TIMESPANi peamine eesmärk on edendada tähelepanupuudulikkuse ja hüperaktiivsuse häiretega (ADHD) patsientide ja samaaegselt esinev kardiometaboolne haiguse ravi, parandades olemasolevaid ravimeetodeid ja vähendades riske. Kardiometaboolsete haiguste ebapiisav ravi on tugevalt seotud enneaegse surma ja oluliste ühiskondlike kuludega. Riiklikud kardiometaboolse haiguse juhised on rõhutanud samaaegselt esinevate psühhiaatriliste häirete olulisust. Kuigi ADHD on tavaline (levimus täiskasvanutel ~ 2–5%) ja tõsine keeruline krooniline seisund, teadmised täiskasvanute ADHD asjakohasest ohjamisest ning ja kaasnevatest kardiometaboolsetest haigusjuhtumitest on puudulik.
Peamise eesmärgi saavutamiseks kasutame olemasolevaid suuremahulisi kohortuuringuid ja lingitud
elektroonilised terviseandmete infosüsteeme mitmetest riikidest, kus on erinev tervishoiusüsteem.
Kasutame ka nutitelefone ja kantavaid seadmeid, et saada uudseid andmetid reaalajas tehtud ning mitme parameetriga mõõtmisi ADHD ravimite kasutamise ning kardiometaboolsete riskide kohta.

Erinevate andmeallikate ja uute tehnoloogiate kooskasutamine andmete kogumiseks, haldamiseks, analüüsiks toob välja optimeeritud ja personaliseeritud multidistsiplinaarse ravi lähenemisviisid, mis minimeerivad kahju ja maksimeerida positiivseid muutusi haiguse prognoosis ja aitavad parandada ravi katkendlikust. TIMESPAN eesmärk on parandada samaaegselt esineva kardiometaboolse haigusega täiskasvanud ADHD patsientide kliinilisi tulemusi ja elukvaliteeti ning hõlbustada ka uute tehnoloogiliste vahendite väljatöötamist täiustatud andmehalduse, seire ja analüüsi Euroopa sidusrühmade jaoks. TIMESPANi strateegiad arstide, patsientide, tervishoiuasutuste ja üldsuse teavitamiseks võimaldavad projekti tulemuste jätkusuutlikku rakendamist (nt soovitused ravijuhiste jaoks).

Linnastumise peamine, ehkki alahinnatud kõrvalnähtus on inimese ekspodentsiaalselt suurenenud kokkupuude kunstliku valgusega. Välisvalgustus, kunstlik taevakuma, kodune valgustus, valgust kiirgavad ekraanid jne mõjutavad bioloogilist kella. Hoolimata teaduslikest tõenditest ööpäevarütmide häirete patogeense rolli kohta NCD-le eelsoodumuses, mis mõjutab und, ainevahetust, immuunfunktsiooni ning paljusid käitumise ja meeleolu aspekte, keskenduvad ELi linnad peamiselt valgustusteenuste tõhususe parandamisele, kulude ja heitmete vähendamisele, kuid seejuures ei võeta arvesse valgustuse mõju tervisele ja heaolule. Avatud veebipõhise Linnavalgustuse ja Tervise Atlase kaudu kogub ja süstematiseerib ENLIGHTENme linnavalgustuse kohta olemasolevaid andmeid ja häid praktikaid ning viib läbi täpse uuringu tervise, heaolu, valgustuse ja sotsiaalmajanduslike tegurite vaheliste seoste kohta 3 pilootlinnas - Amsterdam , Bolognas ja Tartus, kus valitakse sihtpiirkond kunstliku valgusega kokkupuutumise põhjal ja mis kajastab sotsiaalset ebavõrdsust. Linnaosasse Valgustuse Linnalaborite loomise kaudu loovad kodanikud ja sidusrühmad uuenduslikke Valgustuse Linnaplaanide meetmeid ning määratlevad nutika välisvalgustussüsteemi ja sisevalgustuse muudatuste rakendamise linnaosa pilootpiirkonnas. Seal võimaldab rahvastikupõhine eakate - käsitletakse haavatava rühmana, kellel on suurem tõenäosus kannatada bioloogilise kella kõrvalekalde tõttu - uuring hinnata valgustusest sõltuvaid vaimse ja tervisliku seisundi riske ning kogu linnaosa elanikkonda ja kasutajaid hõlmavad uuringud võimaldavad hinnata linnavalgustuse mõju elukvaliteedile ja heaolule. Tulemused võimaldavad välja töötada spetsiaalse Otsuste Tugisüsteemi ning suunised ja soovitused valgustuse mõju kohta tervisele ja heaolule, tehes ettepanekuid uuenduslike valgustuspõhimõtete, meetmete, tehnoloogiate ja sekkumiste kohta, mille eesmärk on parandada kodanike tervist ja heaolu linnades.

Diabeet on kujunenud ülemaailmseks pandeemiaks, mis mõjutab kogu maailmas enam kui 420 miljonit inimest, arvatavasti arv kasvab veelgi järgmistel aastakümnetel. Haigusel on väga heterogeensed väljundid ja patsiendi haigusfaasi täpne tuvastus või prognoosimine üksikisikute tasandil, kellel võib tõenäoliselt välja areneda haigus ja/või progresseeruda haiguse tüsistusteks, on veel lahendamata kliinilised väljakutsed, mis vajavad kiiret tähelepanu. OPTOMICSi eesmärk on uurida metoodikat, mis võib anda paradigma muutuse 2. tüüpi diabeedi tervishoius, integreerides 1) molekulaarse fenotüpiseerimise, 2) uue põlvkonna fenotüübilised mõõtmised inimestel, kellel on diabeet tekkimisel või progresseerunud, mida võimaldab uus kaasaskantav ja mitteinvasiivne optoakustiline tehnoloogia ja 3) tipptasemel arvutuslikud lähenemisviisid, mis suurendavad tehisintellekti edusamme. Lisaks teadustöö- ja tehnoloogiaeesmärkidele pöörab OPTOMICS erilist tähelepanu eetikaga seotud küsimustele ning selle eesmärk on eeskujulik projektijuhtimine, inimeste mõõtmine, välja töötatud digitaalse kaksiku levitamis- ja kommunikatsioonitegevused ning asjatundliku kasutuskava ajakohastamine.

INTERVENE eesmärk on välja töötada ja testida järgmise põlvkonna meetodeid haiguste ennetamiseks, diagnoosimiseks ja personaliseeritud raviks, kasutades esimest USA-Euroopa genoomi- ja terviseandmete kogumit ning integreerides longituudilised- ja haigusega seotud
oomikaandmed geneetilistesse riskiskooridesse. Tulemuseks on enneolematu ennustus-, diagnoosimis- ja personaliseeritud ravi potentsiaal komplekssete ja haruldaste haiguste ravis. Paar Euroopa suurimat biopanka ning kaks USA biopanka saavad olema turvaliselt lingitud ja ühtlustatud GDPR-iga kooskõlas olevas hoidlas rohkem kui 1,7 miljonist genoomist pärinevate andmetega. INTERVENE saab näidata tehisintellekti tehnoloogia potentsiaali ja eeliseid järgmise põlvkonna integreeriritud geneetiliste skooride (IGS) peal. IGS-i kliinilist ja majanduslikku kasu hinnatakse oluliste haiguste valdkondades. Siinkohal viiakse äsja väljatöötatud IGS kliinilisse keskkonda ja hinnatakse nende tegelikku kasu koos kliiniliste ekspertide, Euroopa patsientide kaitserühmade ja meditsiiniseltsidega ning arvestades regulatiivsete ja eetikaga seotud implikatsioonidega. Seega töötatakse välja raamistik õiguslikult ja eetiliselt vastutustundlikuks siirdeks laiemasse kliinilisse praktikasse.

Lisaks arendavad ja katsetavad partnerid IGS-i rolli mitmetes haruldastes haigustes, samuti COVID-19 infektsioonis. Toetamaks IGS-i rakendamist avaliku ja erasektori partnerluste kaudu, luuakse födereeritud andmeanalüüsi platvorm ’IGS4EU’ automatiseeritud IGS-i genereerimiseks ning lõppkasutajate jaoks interpreteerimiseks. Lisaks võimaldab IGS4EU platvorm tehisintellekti kogukonnale juurdepääsu INTERVENE andmetele ja metoodikate alasele oskusteabele. Pikas perspektiivis on IGS4EU platvormi eesmärk suurendada haiguse kaetust süsteemis ja võimaldada IGS-i laialdast kasutuselevõttu kliinilistes uuringutes ja praktikas.

Inimesegeneetika on ääretult võimas töörist mõistmaks bioloogilisi protsesse. Selle abil on võimalik kinnitada (või ümber lükata) terapeutilisi hüpoteese analüüsides spetsiifilisi mutatsioone kandvate inimeste kliinilisi andmeid ning kaardistada uudsete ravimite efektiivsus kui ka võimalikud kõrvalnähud.
Antud projekti eesmärgiks on luua rahvusvaheliselt läbilöögivõimeline andmekogu kombineerides rohkem kui 35 miljonit DNA varieeruvust rohkem kui 20,000 kliinilise tunnusega. Uurimistöös keskendub peamiselt Eesti Geenivaramu andmekogule, mis koondab endas enam kui 20% inimese pikajalised terviseandmed ning nende geneetilised profiilid. Ambitsioonikas eesmärk viiakse ellu kasutades state-of-the-art analüütilisi meetodeid ning kasutades piiramatu võimsusega pilvearvutus keskonda tagamaks vajaliku kiiruse.

Projekti tulemused võimaldavad luua eksperimentaalselt testitavaid hüpoteesi, avavad tee uudsetele ravimitele ning võimaldavad otsest teadustulemuste rakendamist kliinilisse praktikasse.

Käesolev projekt keskendub Eesti keskaja (13.-16. saj. AD) demograafilise ajaloo uurimisele vana DNA vaatenurgast, kombineerides inimese populatsioonigeneetika ja patogeenide uurimise arheoloogiliste ja antropoloogiliste andmetega. Keskaega kirjeldavad ristisõjad, vallutused, näljahädad, epideemiad ja linnastumine tõid Eesti territooriumile suuri sotsiaalseid ja kultuurilisi muutusi. Kirjalikes allikates kirjeldatud sündmuste mõju keskaegse elanikkonna struktuurile ja tervisele on aga paljuski uurimata. See projekt uurib keskaegses ühiskonnas aset leidnud kultuuriliste ja sotsiaalmajanduslike muutuste mõju Eesti tolleaegse ja evolutsioonilises plaanis ka tänase elanikkonna struktuurile ja tervisele. Projekt lisab viimase peatüki Eesti rahva aja loole vana DNA perspektiivis ja avab uusi võimalusi kunagise ja tänase ühiskonna genoomiuuringute ühildamiseks ning meie geneetilist pärandit ja tervist mõjutanud sündmuste kaardistamiseks.

Psüühikahäiretega patsientidel esineb kaasuvaid kardiovaskulaarseid haiguseid oluliselt sagedamini kui tavapopulatsioonil. Täna ei ole selge, millest nende haiguste koosesinemine on tingitud. Selle projekti eesmärk on tuvastada psüühikahäirete ja kardiovaskulaarsete haiguste ühised bioloogilised mehhanismid kasutades geneetilisi meetodeid ja andmeid suurtest biobankadest ning seejärel töötada välja geeniandmetel põhinevad mudelid kardiovaskulaarhaiguste riski ning raviplaanist kinnipidamise ennustamiseks. Nende eesmärkide saavutamiseks viiakse esmalt Eesti Geenivaramu geenidoonorite seas läbi põhjalik vaimse tervise uuring. Sellega loome unikaalse andmekogu psühhiaatriliste haiguste uurimiseks, kus kohtuvad põhjalikud fenotüübiandmed, elektroonilised terviseandmed ja genotüübiandmed 200,000 indiviidi kohta. Individuaalsete geeniandmete kasutamisel on tuleviku meditsiinisüsteemis suur potentsiaal, et tagada kardiovaskulaarsete haiguste varajane ennetamine psühhiaatrilistel patsientidel.

Meie projekti andmed ja analüüsid pärinevad geneetika valdkonnast, kuid otsime vastuseid esmajoones metaküsimustele humaniorast: nii ajaloost selle kõige laiemas tähenduses kui ka keeleteadusest. Inimgeneetika uuringute kiire areng viimase kümne aasta jooksul võimaldab ehitada märksa kandevõimelisemat inter- ja transdistsiplinaarset silda naturalia ja humaniora vahel. Projekt lähtub ja otsib vastuseid ammu sõnastatud küsimustele: "kes me oleme, millal ja kust me tulime?". Meie eesmärgiks on rekonstrueerida uuel tasemel tänapäeva eestlaste ja nende naabrite isa- ja emaliinide keerukat "ajalugu" ning siduda tulemused geneetikast teadmistega arheoloogiast, ajaloost ja keeltest, kaasa arvatud igihalja küsimusega - millal hakati siinmail rääkima läänemeresoome keeli? Sealjuures ei ole ajalugu ega keeleteadus selle projekti vahetu teadusliku uurimistöö objektideks, vaid tulemuste interpretatsiooni platvormiks.

On tõestatud, et soolestiku mikrobioomil on põletikulise soolehaiguse (IBD) puhul ülioluline roll ja see on seotud seedetrakti välise autoimmuunse seisundi - primaarse skleroseeriva kolangiidiga (PSC). Üks soole limaskesta kroonilise põletikuga seotud tagajärgedest on soole suurenenud läbilaskvus, nn lekkiva soole nähtus, mis võib tekitada bakterite sattumise verre. Hiljuti on teatatud, et inimese vereproovides võib leida märkimisväärses koguses ja väga erinevaid bakteriaalseid jälgi; tsirkuleeriva mikrobiomi ja selle diagnostilist potentsiaali pole aga IBD ja PSC puhul varem uuritud.

Seetõttu on selle uuringu eesmärk välja selgitada vereringes leiduvate vere mikrobioomide näite põletikulises sooles ja sellega seotud autoimmuunhaiguses ning anda kliiniliselt asjakohaseid andmeid vere spetsiifiliste mikrobiootaprofiilide diagnostilise ja prognostilise väärtuse kohta, mis võiks olla kasulik uute mitteinvasiivsete meetodite genereerimiseks. IBD ja PSC ravis.

Vanemaealiste depressioonil ja algaval dementsusel on palju kattuvaid sümptomeid, mistõttu on spetsialistidel raske neid haiguseid eristada ning ühtlasi määrata igale patsiendile parimat ravi. Käesoleva projekti eesmärgiks on välja selgitada, kas individuaalsete geneetiliste riskiskooride abil on võimalik nendel haigustel vahet teha juba enne dementsuse diagnoosimist. Selle eesmärgi saavutamiseks kasutatakse geneetilisi andmeid viiest suurest andmekogust (UK Biobank, Eesti Geenivaramu, IGEMS konsortsium, Rootsi kaksikuteregister ja U.S. Health and Retirement Study, summaarne N = 450,000) läbi rahvusvahelise koostöö. Projekti käigus uuritakse, kas dementsusele eelnevad depressiooni sümptomid on geneetiliselt rohkem seotud depressiooni või dementsusega, ning millises vanuses on geneetiline riskihindamine optimaalseim. Projekti tulemustel on suur potentsiaal avada uusi võimalusi kasutamaks individuaalseid geneetilisi riskiskoore personaalmeditsiinile orienteeritud tervishoiusüsteemides.

COVID-19 pandeemia on enneolematul viisil mõjutanud maailma majandust ja selle elanikkonna tervist. Kuigi WHO ja teadusringkonnad on hoiatanud COVID-19 kahjuliku mõju eest vaimsele tervisele ja kutsunud üles läbi viima rahvusvahelisi uuringuid, on hetkel olemasolev teaduskirjandus üsna piiratud ja koosneb peamiselt erinevate disainivigadega väikestest uuringutest. Selleks, et paremini mõista pandeemia mõju vaimsele tervisele on hädavajalikud jõulised, hästi läbimõeldud uuringud ulatusliku ja pikaajalise jälgimisega, mis hõlmavad kõrge riskiga rühmasid, sealhulgas COVID-19 patsiente, nende pereliikmeid ja eesliini töötajaid. Põhjamaade ja Baltimaade riiklikud registrid ja biopankade ressursid pakuvad ainulaadset võimalust saamaks kriitiline ülevaade vaimse ja somaatilise tervise vastastikmõjust COVID-19 pandeemia ajal. COVIDMENTi konsortsium kasutab nelja Põhjamaa ja Eesti vahelise koostöö käigus laialdast teadustöö kogemust ja infrastruktuuri, sealhulgas riiklikke registriressursse (hinnanguliselt >23 miljonit inimest; neist >70 000 kinnitatud COVID-19 nakkusega), biopankade andmestikke (hinnanguliselt >500 000 inimest) ja uusi COVID-19 kohorte koos küsimustike andmetega (hinnanguliselt >250 000 inimest), et märkimisväärselt edendada teadmisi vaimse tervise haigestumuse trajektooridest COVID-19 pandeemias. Selle projekti käigus pööratakse tähelepanu järgmistele konkreetsetele eesmärkidele: 1) Olemasolevate psühhiaatriliste haiguste roll COVID-19 nakkuse riski kujunemisel ja haiguse progresseerumisel 2) COVID-19 mõju lühiajalistele ja pikaajalistele psühhiaatrilistele tagajärgedele COVID-19 patsientide, nende perekondade ja eesliini töötajate seas. 3) COVID-19 pandeemia mõju 4 Põhjamaa ja Eesti elanikkonna vaimsele tervisele, mida põhjustavad erinevad riiklikud meetmed ja vastavad COVID-19-ga seotud suremuse määrad. See uurimisprogramm pakub uudseid teadmisi psühhiaatriliste tegurite rollist COVID-19 etioloogias ja tagajärgedes tervisele. Võttes arvesse meile kättesaadavaid ainulaadseid terviseregistreid ja biopanga andmestikke koos uute COVID-19 kohortide andmetega, on meil ainulaadne võimalus maailmas mõista psüühikahäirete ja nendega seotud somaatiliste seisundite rolli COVID-19-s. Selleks, et Põhjamaade tervishoiusüsteemid saaksid kiiresti kohaneda elanikkonna muutunud tervishoiuvajadustega pandeemia ja sellest tulenevate ühiskondlike katastroofide tagajärjel, vajame kaasaegseid uuringuid elanikkonna vaimse tervise kohta, et teha kindlaks haavatavad ühiskonnagrupid ja nende probleemide ulatus.

Kogu maailm seisab silmitsi eksistentsiaalse tervisekriisiga: uudse haiguse COVID-19-ga, mille põhjustaja on koroonaviirus SARS-CoV-2. Tervisesüsteemidel puudub varasem kogemus haiguse ja selle kaugtagajärgede raviks ning ennetuseks.
Uuringu eesmärgiks on Eestis SARS-Cov-2 haigestumise, haiguse tõsiduse, immuunvastuse ja nakkuse tervisetagajärgede süsteemne analüüs, mis võimaldab teha informeeritud otsuseid tulevaste nakkuspuhangute korral ja arendab terviseandmete kasutamist meditsiiniliseks otsusetoeks, rahvatervise seireks, tervishoiu planeerimiseks ning meetmete põhjendatuse analüüsiks.

Uuringu meeskonda kuuluvad arstid, epidemioloogid, rahvatervishoiu teadlased, viroloogid ning arvutiteadlased. Peame oluliseks projekti seotust rahvusvahelise COVID-19 uuriva teaduskogukonnaga ning Eesti andmete standardsele kujule (OMOP) viimist, mis tagab kiire kohaliku analüüsi võimekuse ning võimaldab Eesti andmetel arendada teiste teadusrühmade poolt koostatud analüüsiprotokolle ja ennustusmudeleid.

Vaimse tervise probleemide varane märkamine on kriitilise tähtsusega rahvastiku vaimse tervise ja heaolu edendamisel. Kvaliteetne ja operatiivne info rahvastiku (sh haavatavate rühmade) vaimse tervise kohta annab sisendi vaimse tervise poliitika planeerimiseks ja probleemide ennetamiseks kriisiajal. Uuringuettepaneku teljeks on põhjalik, suure rahvastikupõhise valimiga vaimse tervise longituudne küsitlusuuring vahetult peale Covid-19 pandeemiat, mille tulemusi arvestades koostame vaimse tervise indikaatorite monitoorimise paketi. Küsitlustulemused lingime registriandmetega ja kriisieelse olukorraga võrdlemiseks korraldame järeluuringud kolmes varem uuritud kohordis. Viime läbi valideerimisuuringu küsitlusmeetodi täpsuse kontrolliks ja optimeerimiseks ning kvalitatiivuuringu (süvaintervjuud) haavatavates rühmades. Tulemuste põhjal koostame ülevaate Eesti rahvastiku vaimse tervise olukorrast (sh muutused) ja soovitused haavatavate rühmade olukorra leevendamiseks kriisiolukorras.

Rahastust kasutatakse taotleja poolt koordineeritava ERC Synergy grandi taotluse ettevalmistamise toetamiseks. Projekti eesmärk on tõsta teaduse mõjukust läbi teadustöö publikatsioonide, grandi kirjutamise oskuste ja teadmiste parandamise ning koostöövõrgustike arendamise, et suurendada Euroopa Teadusnõukogu (ERC Synergy) taotluse eduvõimalusi. Projekti raames luuakse uus Kagu-Aasia saarte geeniandmekogu ja kasutatakse uusi meetodeid geneetiliste ja lingvistiliste andmete võrdlemiseks. Projekt seostub täiendavate uuringutega, mida viiakse läbi H2020 Marie Skłodowska-Curie RISE projekti OCSEAN raames. Aastal 2020 alanud grandi koordinaatoriks on taotleja ning selle raames tehakse tihedat koostööd ka ettevalmistatavas ERC Synergy taotluses osaleva kolme kaas-vastutava täitjaga.

Kuidas toimisid poliitika ja ebavõrdsus eelajaloolises Euroopas? Traditsiooniliselt peetakse poliitikat diskreetseteks poliitilisteks auastmeteks, mis on määratletud üksikisikute erineva kohtlemise kaudu tema matmisel. Kuid selle tulemusel liigitatakse suurt osa eelajaloost, kus surnuid koheldakse individuaalset identiteeti kustutavalt, egalitaarseks. Tulemuseks on kunstlikult dihhotoomne ajalugu: Neoliitikumi inimestel olid maastikud, rituaalid ja esivanemad, pronksi- ja rauaaja inimestel oli poliitika ja ebavõrdsus. Viimase kahe aastakümne jooksul on seda lähenemisviisi tugevalt kritiseeritud. Matmise viis on harva seotud nii otseselt staatusega; surnud teenivad palju erinevaid poliitilisi rolle. Riigieelsete inimrühmade ebavõrdsus koosneb harva selgetest kihtidest; ebavõrdsus ja võrdsus esinevad rühmadevahelistes pingetes. Ebavõrdsus võis esineda terves eelajaloolises Euroopas, kuid see võis olukorrast sõltuvalt ilmneda pigem läbi erinevate eluvõimaluste, suguluse, rituaalide või esivanemuse kaudu, mitte ilmselgelt poliitilise juhtimise, rikkuse või identiteedi kaudu. Kuid seda uut vaatenurka pole kunagi empiiriliselt testitud.

Selles projektis analüüsitakse eelajaloolise ebavõrdsuse ja surmateede alternatiivseid mudeleid. Sotsiaalsete suhete uurimiseks kasutatakse osteobiograafiat, rekonstrueerides skelettide elulugusid läbi teaduslike andmete nagu identiteet, tervis, toitumine, liikuvus ja sugulus. Surmateede mõistmiseks kasutatakse selles projektis ka teist uudset metoodikat - matuse tafonoomiat. Osteobiograafia ja tafonoomia ühendamine võimaldab meil ühendada iidsed elud ja surmad. Uuringualused inimesed pärinevad kolmest ajaloolisest perioodist. Perioodid hõlmavad neoliitikumi ehk nooremat kiviaega (6000–4000 eKr) ning ajavahemikke kiviaja lõpust kuni vanema pronksiajani (4000–1800 eKr) ja keskmisest pronksiajast kuni rauaajani (1800–600 eKr). Analüüsi tulemused võimaldavad meil esimest korda hinnata, kuidas mõjutas ebavõrdsus eelajaloolist Euroopat ja milline roll oli selles meie eelkäijatel.

Eesmärk on välja töötada mobiilisõbralik rakendus Minu terviseuuring isikupärastatud terviseteabe kogumiseks ja tagasiside andmiseks, mis on mõeldud geenidoonoritele või mõnes uuringus osalejatele. Rakendus sisaldab veebipõhist Qure Forms rakendusel põhinevat küsimustikku, , mis kujundatakse ümber ja optimeeritakse mobiilirakenduste väikeste puutetundlike ekraanide jaoks.

Ravimite tarbimist ja nende poolt põhjustatud kõrvaltoimeid ning teiste tarbimiskogemusi käsitlevate andmete kogumiseks viiakse läbi juhtumianalüüs. Lisaks kogutakse andmeid tervisekäitumise kohta. Uuringu käigus mõõdetakse kasutajakogemust ja täiendatakse rakendust kasutajate tagasiside põhjal. Kasutajate kaasamiseks jagame kõigile selleks soovi avaldanud osalejatele  lõbusaid fakte erinevate käimasolevate uuringute tulemuste kohta, kus nende andmeid on kasutatud.

Viimastel aastatel on avastatud, et inimgenoom suudab kodeerida tuhandeid ainulaadseid mikropeptiide. Need valguproduktid koosnevad vähem kui sajast aminohappest ning osalevad
erinevates molekulaarsetes, rakulistes ja füsioloogilistes protsessides. Paraku on tuvastatud vaid üksikute mikropeptiidide bioloogilised rollid ning tulenevalt oma suuresti tundmatu otstarbe tõttu, välistatakse mikropeptiide tihtilugu proteoomsetest ja genoomsetest teadusuuringutest.

Käesoleva projekti eesmärk on tuvastada südameveresoondkonna haiguste suhtes patogeensete potensiaalidega valke, viies läbi ülegenoomseid uuringuid, mis keskenduvad mikropeptiide kodeerivates alades esinevate üksiknukleotiidsete variatsioonide efektide määramisele. Selle saavutamiseks viime me läbi põhjaliku analüüsi Eesti Biopangas olevate geeni- ja terviseandmete põhjal. Uute kliiniliste assotsiatsioonide tuvastamine aitab kaasa personaalmeditsiini, genoomika, proteoomika ning üldiste molekulaarbioloogia teaduste edendamisele.

Genoomika, Evolutsiooni ja Meditsiini keskuse (cGEM) eesmärgiks on rakendada genoomika ja meditsiini arenguid evolutsiooniteadlikus kontekstis, et võtta arvesse erinevate populatsioonide evolutsioonilist trajektoori, mille tulemusena on arenenud erinev eelsoodumus mitmetele levinud haigustele (metaboolsed ja kardiovaskulaarsed haigused, vähk). Selle eelduseks on teadmised erinevate segapopulatsioonide geneetiliste riskifaktorite kohta, ning vahendid selle geneetilise eelsoodumuse tuvastamiseks. Oma eesmärkide saavutamiseks koondame Eesti Biokeskuses, Eesti Geenivaramus ja Kliinilise Meditsiini Instituudis leiduva oskusteabe. Kolme teaduskeskuse sünergia tekitab meie põhieesmärgi saavutamiseks vajaliku teadusvõimekuse, mis võimaldab meil rakendada terviklikku lähenemist mõistmaks mitmete levinud haiguste evolutsioonilisi tekkemehhanisme, arendamaks erinevatele segapopulatsioonidele sobivaid riskiennustusmudeleid, ning leidmaks võimalusi nende saavutuste rakendamiseks igapäevases tervishoiupraktikas.

"Ületades 1 Miljonit Genoomi" (B1MG) konsortsium loob tugi- ja juhtstruktuuri Euroopa "1+ Miljon Genoomi" (1+MG) algatusele, mis baseerub Euroopa Liidu 20 liikmesriigi ja Norra ühiselt allkirjastatud deklaratsioonil "Luues ligipääsu vähemalt ühele miljonile sekveneeritud genoomile Euroopa Liidus aastaks 2022" (‘Towards access to at least 1 million sequenced genomes in the EU by 2022’). Mainitud riigid töötavad ühiselt liiduülese geenipankade ja doonoriandmete võrgustiku loomise nimel, et arendada terviseteadust ja meditsiinilisi rakendusi üle Euroopa.

"Ületades 1 Miljonit Genoomi" (B1MG) konsortsiumi eesmärk on kaasata projekti rohkem kui  "1+ Miljon Genoomi" (1+MG) algatuses planeeritud ühe miljon genoomi andmed ning liita võrgustikku rohkem kui algselt alla kirjutanud 21 Euroopa riiki. Projekti käigus luuakse üle-euroopaline genoomiandmetel põhinev terviseinfo andmebaas, juhindudes andmekvaliteedi ja -vahetuse kõrgetest standarditest ning juriidilistest nõuetest. Projekti tulemusena loodavat teadmust rakendatakse konkreetsete sammudena personaalmeditsiinis. Kiiremad ja täpsemad diagnoosid, farmakogenoomika areng ja progress ennetavates sekkumistes viivad patsientide tervise, elukvaliteedi ja eluea pikkuse paranemiseni. See toob lisaks kaasa riiklike tervishoiusüsteemide efektiivistumise ning avaliku sektori ressursside optimaalsema kasutuse.

Südamerütmihäired mõjutavad miljoneid eurooplasi ja seoses suure haigestumuse ja suremusega kujutavad endast suurt tervishoiuprobleemi. Südamerütmihäirete alusmehhanismid on keerukad ja täpsed toimemehhanismid endiselt ebaselged, millest tulenevalt on ka ravistrateegiad tihti ebaefektiivsed. Järjest kasvav tõendusmaterjali hulk näitab, et elektrofüsioloogilisi omadusi ei määra ainult kardiomüotsüüdid, vaid ka mehhanismid, mis hõlmavad keerulist südamekeskkonda, sealhulgas geneetilisi tegureid, muid rakutüüpe, nagu tüvirakud või immuunrakud, või neid ümbritsevat epikardium. Seega tõstatame me hüpoteesi, et kardiomüotsüüdist väljaspool olevad tegurid määravad elektrijuhtivuse omadusi, mängides seega võtmerolli nii südame kaudu toimuvate elektriliste impulsside füsioloogilises genereerimises ja levimises kui ka rütmihäireid põhjustavates patofüsioloogilistes mehhanismides. Selle hüpoteesi kinnitamiseks integreerib DETECT ARRHYTHMIAS projekt in vitro ja in vivo eksperimendid multidistsiplinaarsesse translatiivsesse lähenemisviisi, mis sealhulgas hõlmab elektrofüsioloogia, alusteaduse, tüvirakkude bioloogia, geneetika ja immunoloogia. DETECT ARRHYTHMIAS hindab põhjalikult seotud geneetilisi mehhanisme, uurib epikardi rolli ning ning uurib kodade juhtivuse aluseks olevaid põletikulisi mehhanisme patsientidel, hiiremudelitel ja patsientidest tuletatud iPS-rakkudel. DETECT ARRHYTHMIAS projekt avaldab murrangulist mõju meie arusaamisele südamerütmihäirete aluseks olevast füsioloogiast ja mehhanismidest, ning on katalüsaatoriks teadusavastuste ülekandmisel uuenduslike ja teedrajavate teraapiate väljatöötamiseks.

Aastaks 2030 elab 80% Euroopa rahvastikust linnakeskkonnas, mis koosneb erinevatest sotsiaalsetest ja keskkonnateguritest. Elukoht, toit, liikumisharjumused ja palju teisi mittegeneetilisi haigustega seotud tegureid moodustavad linna mõjusfääri ning kujutavad potentsiaalselt muudetavat mõju meie tervisele. Eristame välist mõjusfääri, mis koosneb keskkonna-, elustiili- ja sotsiaalsetest teguritest, ning sisemist mõjusfääri, mis peegeldab bioloogilisi vastuseid välismõjusfäärist tulenevalt stressile. EXPANSE hindab linna mõjusfääri erinevatesse faktoritesse sekkumise seost südame-, ainevahetus- ja kopsuhaiguste sagedusega EXPANSE vastab linnaplaneerijate, seaduseloojate ja linnaelanike ühele asjakohaseimale küsimusele, kuidas parandada tervist linnakeskkonnas. EXPANSE toob kokku >45 miljoni eurooplase terviseandmed, >2 miljoni inimese andmed biopankadest ning >5000 inimesel EXPANSE projekti raames mõõdetavad andmed. Projekti eesmärk on luua pikaajaline jätkusuutlik tarkvarakogum ja taristu, mida saab kasutada mõjusfääri kohta teadmiste tekitamiseks ning nende teadmiste tõlkimiseks rakendatavateks juhisteks kodanikele, avalikule ja erasektorile.

OCSEAN ühendab Kanada, Euroopa, Kagu-Aasia saarestiku ja Okeaania teadlasi, et põhjalikult ümber hinnata meie arusaama austroneesia keeltega seotud ekspansioonidest. Projekt kasutab uut arheoloogia, bioloogilise antropoloogia, lingvistika ja geneetika kõrg-tihedusega andmestikku, mida analüüsitakse ühtses statistika-raamistikus. Projekt saavutab tõelise distsipliinide sünteesi uurides ühendatud andmestike struktuurseid suhteid kõige uuemate arvutuslike ja statistiliste meetoditega.

See uurimustöö kontekstualiseerib austroneesia keeleperekonna ekspansiooni üha kasvava tõendusmaterjaliga Kagu-Aasia saarestiku ja mandri rannikualade vahelisest sotsiaal-poliitilisest komplekssusest enne riisi- ja hirsikasvatuse Taiwani jõudmist u 5 aastatuhande keskel BP. Ühtlasi võtab projekt arvesse nende piirkondade rikkalikku vastastikuse mõjude ajalugu alates austroneesia keelkonna malaio-polüneesia haru jõudmisest Taiwanist välja. OCSEAN toob kokku juhtivad humanitaar- ja reaalteadlased ning ühendab paljude laborite ressursid, analüüsimaks küsimusi, mida saab lahendada vaid sellise laia koostöövõrgustiku raames. Meie lähenemine hõlmab arheoloogia-, geneetika- ja lingvistika-andmestike komplekssust, pakkudes alternatiivi suunatud, progressiivsetele ja tehnoloogiliselt deterministlikele mudelitele. Samas tunnistame arheoloogilisest tõendusmaterjalist kultuurikontseptsioonide ja etnilise identideedi konstrueerimise keerukust, lähtuvalt nende mõistete loomupärasest voolavusest Oma ühendatud kogemuste ja oskustega näitame, et suurte andmestikega töötamise uus viis viib uute teadmisteni väikesel skaalal. See muudab kardinaalselt teadustööde läbiviimist. 

Projekti käigus analüüsitakse, kuidas vaimsete häirete riske suurendavad geenimuutused mõjutavad südame-veresoonkonna haigustesse haigestumist elustiilivalikute kaudu. Tulemusena töötatakse välja südame-veresoonkonna haiguste ennetusmeetodid. 

Raskete psüühikahäiretega inimestel esineb samaaegselt sageli ka südame-veresoonkonna haigusi, mis on suur rahvatervise probleem ning tekitab märkimisväärse rahalise koormuse Euroopa tervishoiusüsteemile. Uurime koos juhtpartneri Oslo ülikooli ja koostööpartneritega mehhanisme, mis võivad psüühikahäiretega inimestel põhjustada kardiovaskulaarsete haiguste suurema esinemissageduse. Projekti käigus tehakse kindlaks molekulaarsete mehhanismide ja ebatervislike eluviiside ühised mõjud, mis suurendavad südame-veresoonkonna haiguste riski psüühikahäiretega indiviididel. Analüüsime geeniandmeid ja riiklikest registritest saadud infot haiguste trajektooride ja kaasuvate haiguste kohta. Kardioloogide, psühhiaatrite, geneetilisete epidemioloogide, molekulaargeneetikute ja neuroteadlaste multidistsiplinaarne ekspertirühm koos masinõppe ja arvutusekspertidega loob eeldused avastusteks, millele ehitada uudseid töövahendeid. Sel viisil aitame luua täppismeditsiini vahendeid olulise rahvatervise probleemi lahendamiseks.

Kuni iga viies rasedus võib lõppeda varase katkemise ehk spontaanabordiga (SA), seega on SA kõige sagedasem varase raseduse komplikatsioon. Raseduse katkemine põhjustab palju meelehärmi, aga ka arvestatavaid tervishoiuga seotud kulusid, lisaks on raseduse katkemist kogenud naistel suurem risk erinevateks haigusteks edasises elus. SA põhjused on mitmekesised, hõlmates nii loote- kui vanematepoolseid tegureid, samas jääb paljudel juhtudel põhjus teadmata. Hiljutiste suuremahuliste analüüsidega näitasime, et emapoolsed geneetilised faktorid suurendavad SA riski, samas on sagedaste geneetiliste variantide roll väike, ning arvatavasti on suurem roll harvadel variantidel ja DNA koopiaarvu muutustel. Näitasime, et SA riskiga on teiste seas seotud platsenta funktsiooni mõjutavad geenid. Käesoleva projektiga soovin sama uurimissuunda jätkata ja iseloomustada DNA harvade variantide, koopiaarvu variantide ning platsenta histoloogia muutuste rolli raseduste katkemise eelsoodumuse kujundamisel.

Kuigi ülegenoomsed assotsiatsiooniuuringud (GWAS) on olnud viljakad, on põhjuslike geneetiliste variantide leidmine enamikku GWAS assotsiatsioone iseloomustava tugeva aheldatuse ja nõrkade efektide tõttu keerukas. Käesoleva projekti eesmärk on parandada GWAS põhjuslike variantide leidmise efektiivsust, kasutades ekspressiooni kvantitatiivsete lookuste (eQTL'ide) tugevamaid efekte. Selleks viin ma läbi ülegenoomse cis- ja trans-eQTL uuringu >31,000 vereproovis. Kombineerides saadud tulemusi nii varasemate GWAS assotsiatsioonide, kui Eesti Geenivaramu andmetest leitutega, leian ma fenotüübiseoselised geenid. Nende geenide eQTL efektide abil prioritiseerin ma tõenäolised põhjuslikud variandid paljude fenotüübiliste tunnuste jaoks ja nende mõju geeniekspressioonile. Saadud põhjuslike variantide kataloog on vajalik funktsionaalsete uuringute disainiks ning täpsemate geneetiliste riskiskooride loomiseks mis on tähtsaks osaks Eesti personaalmeditsiini programmi ellu viimisel.

Projekti peamine eesmärk on parandada teist tüüpi diabeedi diagnoosimise kvaliteeti ning ennetust arendades efektiivseid teist tüüpi diabeedi ennustamismeetodeid Eest-Vene koostöö programmi raames.

Järgmise põlvkonna sekveneerimine (NGS) on võitnud kaasaegse teaduse südame ja on seetõttu üks olulisemaid vahendeid tänapäevastes bioloogilistes ja biomeditsiinilistes uuringutes. Kuid seadmete ja reagentide kõrge hind, korrektseks kasutamiseks vajalik mitmekülgne ekspertiis ning juriidilised ja eetilised probleemid piiravad paljude teadlaste juurdepääsu NGS-tehnoloogiatele. EASI-Genomics soovib tegeleda nende väljakutsetega, ühendades Euroopa suuremad genoomikeskused, mis võimaldavad välist juurdepääsu oma infrastruktuurile. EASI-Genomics missioon on hõlbustada nii akadeemiliste ringkondade kui ka tööstusvaldkonna teadlastele juurdepääsu tipptasemel DNA sekveneerimistehnoloogiatele ja seda raamistikus, mis tagab eetiliste ja õiguslike nõuete täitmise, ning õiglase ja turvalise andmehalduse. EASI-Genomics pakub täielikult rahastatud juurdepääsu enam kui 150-le rahvusvahelisele juurdepääsu-projektile, mis valitakse välja avalike konkursside korras läbi range, õiglase ja läbipaistva eel-retsenseerimis protsessi. Igat rahastatud uuringut toetatakse alates uuringu disainist kuni sekveneerimiseni ja vastavate andmete analüüsini. EASI-Genomics pakub oma kasutajaskonnale enam kui 100 Tb järjestusi ja enam kui 25 000 tundi bioinformaatilist, analüütilist ja andmehalduse tuge. Nagu varasemalt välja toodud, pakub EASI-Genomics juurdepääsu kõrgetasemelistele meetoditele, mis lähevad kaugemale sellest, mis on kommertsiaalselt kättesaadav. Fookuses on erinevad sekveneerimise meetodid, milleks on lühikeste ja pikkade järjestuste sekveneerimine, in situ sekveneerimine ja ühe raku analüüs. Samuti pööratakse tähelepanu keerukatele integratiivsetele projektidele ja projektidele, mis käsitlevad mitte-inimeste proove. Lisaks toetab EASI-Genomics laiemat NGS-i kogukonda oma kvaliteedikontrolli protsesside parendamisel, võimaldades avatud laboritevahelisi võrdluskatseid, mis võimaldavad taodelda ISO sertifikaati ja akrediteeringut sarnaselt mitmete EASI-Genomicu partneritega. EASI-Genomics projekti eesmärk on luua praktikatel põhinev kogukond, mis kasutab arenenud sekveneerimistehnoloogiaid riigi ja sektori piiride üleselt, et lahendada globaalseid väljakutseid teaduses.

Tervishoid on jõudmas digitaalsesse ajastusse: digitaalsel kujul on saadaval üha rohkem patsiendiandmeid. Nende suurte terviseandmete uurimine võimaldab avastada uusi teadmisi haiguste mehhanismidest ja ravi tulemustest. Lõppkokkuvõttes on eesmärk kasutada neid teadmisi täppismeditsiini jaoks, mille eesmärk on pakkuda iga patsiendi jaoks personaalset ennetavat ravi ja teraapia valikut. Masinõpe on terviseandmete analüüsimisel transformatsioonipotentsiaaliga tehnoloogia. Masinõpe püüab avastada uusi teadmisi suurtes andmekogumites statistiliste sõltuvuste näol. Terviseandmete kaevandamine ei ole aga väljakujunenud masinõppe tehnikate lihtne otsene rakendamine. Vastupidi, esilekerkiv rahvastiku skaala ja terviseandmete ülikõrge mõõtmelisus tekitavad vajaduse töötada välja masinõppe algoritmid, mis saaksid selles skaalas edukalt töötada. Masinõppes nende piiride ületamine on täppmeditsiini visiooni reaalsuseks muutmise võti. Selle väljakutse lahendamiseks vajab Euroopa hädasti uut põlvkonda teadlasi, kellel on teadmisi nii masinõppes kui ka terviseandmete analüüsimises, keda on aga ülemaailmselt väga vähe. Meie ETN-i eesmärk on see lünk kõrvaldada, ühendades masinaõppe ja statistilise geneetika Euroopa juhtivad uurimisasutused nii era- kui ka avalikust sektorist, et koolitada 15 noort teadlast. Need teadlased aitavad kujundada selle olulise teema tulevikku ja suurendada Euroopa konkurentsivõimet selles valdkonnas, millel on tulevikus tõsine akadeemiline ja tööstuslik mõju ning mis võib 21. sajandil kujundada Euroopa tervishoiu- ja kõrgtehnoloogiasektorit.

Tartu Ülikooli genoomika instituudis / Eesti geenivaramus hoitakse pea 5000 isiku genoomi sekveneerimisandmeid ja ülejäänud geenidoonorite genotüübiandmeid. Uudsena biopankade kontekstis oleme alustanud isikutele tagasiside andmist nende geenileidude osas. Antud rühmagrant käsitleb spetsiifilisemalt tagasiside andmist kõrge haigusriskiga ravitavate / sekkumist võimaldavate haiguste kontekstis ning uurib:
1. Selliste geenileidude penetrantsust rahvastiku tasemel. Kirjandusandmed on kontrastina saadud perekondade uuringul ning ei pruugi laiemas kontekstis kehtida.
2. Oslejate soostumust soovitatud jälgimis- ja sekkumistaktikatega.
3. Ebaselge tähendusega harvade klass 3 geenivariantide funktsionaalset iseloomustamist perifeersete vererakkude RNA sekveneerimise kaudu indeksjuhutdel ja pereliikmetel. Seda kavatseme teostada eeskätt pärilike vähisündroomide kontekstis.

4. Tagasiside lühi- ja pikaaegseid psühhosotsiaalseid aspekte, nimelt düstressi, eluviisi muutusi, sugulaste informeerimist.

Planeeritava ERA õppetooli – Genoomika, Evolutsiooni ja Meditsiini keskuse (cGEM) eesmärgiks on rakendada genoomika ja meditsiini arenguid evolutsiooniteadlikus kontekstis, et võtta arvesse erinevate populatsioonide evolutsioonilist trajektoori, mille tulemusena on arenenud erinev eelsoodumus mitmetele levinud haigustele. Selle eelduseks on teadmised erinevate segapopulatsioonide geneetiliste riskifaktorite kohta, ning vahendid selle geneetilise eelsoodumuse tuvastamiseks. Oma eesmärkide saavutamiseks koondame Eesti Biokeskuses, Eesti Geenivaramus ja Kliinilise Meditsiini Instituudis leiduva oskusteabe. Kolme teaduskeskuse sünergia tekitab meie põhieesmärgi saavutamiseks vajaliku teadusvõimekuse, mis võimaldab meil rakendada terviklikku lähenemist mõistmaks mitmete levinud haiguste evolutsioonilisi tekkemehhanisme, arendamaks erinevatele segapopulatsioonidele sobivaid riskiennustusmudeleid, ning leidmaks võimalusi nende saavutuste rakendamiseks igapäevases tervishoiupraktikas.

Oma tegevuse käigus hindame erinevate molekulaarsete radade mutatsioonimäära inimpopulatsioonide evolutsiooni, migratsiooni ja segunemise lõikes, ning uurime demograafilise ajaloo ja lokaalse adaptatsiooni rolli mutatsiooniprotsesside globaalsete mustrite kujundamisel, keskendudes eelkõige piirkondlikele erinevustele, mis mõjutavad inimeste eelsoodumust levinud haigustele. cGEM kasutab oma rahvusvahelist koostöövõrgustikku ning kohalikke biopanku segapopulatsioonidele sobivate personaalmeditsiini rakenduste arendamiseks, mis võimaldaksid ennustada mõningate levinumate haiguste (sh metaboolsed ja kardiovaskulaarsed haigused ning erinevad vähivormid) riski.

PRECISE4Q-ga seadsime endale eesmärgiks minimeerida insuldiga kaasnevat koormust nii üksikisiku kui ühiskonna tasandil. Sel eesmärgil saavutamiseks loome mitmemõõtmelised andmepõhised ennustavad simulatsioonimudelid. See võimaldab esmakordselt individuaalset insuldiravi ja patsiendi vajaduste rahuldamist haiguse eri staadiumites (1. ennetamine, 2. äge ravi, 3. rehabilitatsioon, 4. taasintegreerumine ühiskonda). Insult on üks kõige tõsisemaid meditsiinilisi probleeme, millel on kaugeleulatuv mõju rahvatervisele ja sotsiaal-majanduslikule olukorrale ning teema muutub vananevas ühiskonnas üha aktuaalsemaks . Probleemi lahendamiseks integreerime projekti käigus heterogeensed sisendandmed multidistsiplinaarsetest allikatest.  Andmeid kogutakse kogu patsiendi eluea kohta ja mudelid võimaldavad patsiendil tagasisidet anda. PRECISE4Q loob erinevaid tugisüsteeme otsuste tegemiseks, mida on võimalik rakendada patsiendi elueast/-etapist sõltuvalt.  PRECISE4Q prognoosimisvõime ja kliiniline täpsus valideeritakse reaalsete kliiniliste andmetega. PRECISE4Q-il on kliiniliselt mõõdetav ja jätkusuutlik mõju ning see aitab paremini mõista riski, tervist ja vastupidavust mõjutavaid tegureid. See võimaldab mõõta erineva intensiivsusega ja patsiendi eri elu etappidel rakendatud sekkumiste mõju. Erinevalt praegustest skemaatilistest ravijuhenditest toetab PRECISE4Q patsienti terve eluea kestel personaalsete strateegiatega tema individuaalsete ja konkreetsete vajaduste jaoks.

Vana-DNA uurimise tormine areng on põhjustanud revolutsiooni meie arusaamades evolutsioonilistest ja demograafilistest protsessidest, mis mõjutasid tänapäeva inimese geneetilise diversiteedi kujunemist ning geenide ja fenotüübi vahelisi suhteid, sh haiguseid.

Siiski pole seni suudetud vana-DNA proove koguda laiast geograafilisest piirdkonnast – Ida-Euroopa tasandikult. Selle tühimiku täidame siinse projekti käigus sekveneerides >400 vana-DNA proovi ühes oluliste isotoobianalüüsidega. See võimaldab meil populatsioonide keerukat ajalugu rekonstrueerida mitte ainult geneetilisest perspektiivist, vaid heita valgust ka sotsiaalsetele struktuuridele ja liikuvusle, toitumisele ning tervisenäitajatele läbi mesoliitikumi ja rauaaja. Määrame haiguste riski muutumisega seotud geneetiliste variandide evolutsioonilised rajad. Neil tulemustel on otsene mõju Eesti personaalmeditsiini teoreetilise tausta arendamisele ning ühiskonna üldisele avatusele.

Ülegenoomsete assotsiatsiooniuuringutel (GWAS) leitud südameveresoonkonna haigustega (CAD) seotud 90st lookusest vaid kolmandik on seotud traditsiooniliste kardiovaskulaarsete haiguste riskifaktoritega. Mis näitab, et meie teadmised mehhanismidest, mis viivad ateroskleroosini, on olulisel määral puudulikud.
Meie konsortsium püüab lahti harutada suurenenud CADi riskiga seotud lookuste molekulaarseid muutusi (leitud GWASil), millele hetkel ei pöörata tähelepanu nii ennetusel ega ravil.

Ühendades mitut kudet kaasava geeniekspressiooni ja mitmed RNA-järjestuse uuringud (nt STARNET) koos maailma juhtiva GWAS CAD konsortsiumiga (CARDIoGRAM), saame me kõigepealt kindlaks teha geenid/ geenikoopiad, mis on geneetilise riski aluseks nii müokardi infarktile kui ka stabiilsele CADile. Seejärel teeme me kindlaks molekulaarsed faktoride seoses nende geenide/transkriptidega siht-kudedes/rakkudes, geenivõrgustikud ja rajad nendes, eesmärgiga kindlaks teha nö haiguse põhi-süüdlased. Kasutades kuni 500 000 indiviidi ülegenoomseid ja fenotüübi andmeid püütakse leida riskifaktorid ja ennetusvõimalused südameveresoonkonna haigustele. Projekti üldeesmärk on luua põhi täpsemale ja genoomsele ennetusele pärgarterite ateroskleroosile.

Soolestiku mikrobioom omab olulist rolli metaboolsete haiguste nagu teist tüüpi diabeet (T2D) rasvumine ja metaboolne sündroom tekkel. Soolestiku mikrobioomi kujundavad mitmed tegurid (toitumine, elustiil, ravimid jne), millel on omakorda tohutu mõju meie tervisele. Antud projektis uuritakse kuidas soolestiku mikrobioom mõjutab ravimite ainevahetust, milleks keskendutakse T2D ravimitele. Kõige enamkasutatavam T2D ravim on metformiin ning varasemates töödes on näidatud, et metformiini ravil muutub soolestiku mikrobioomi kooslus sarnasemaks tervete, mitte T2D põdevate inimeste, mikrobioomile. Samas on teada, et metformiini tekitab paljudel inimestel seedimisega seotud kõrvalmõjusid. Antud töö eesmärgiks on uurida mikrobioota seosed.

Euroopa psühhiaatrilise geneetilise nõustamise, testimise ja koolitamise programmi (EnGagE) eesmärk on tugevdada hiljuti tekkinud teadusharude psühhiaatrilise geneetilise nõustamise (PsyGC) ja psühhiaatrilise geneetilise testimise (PsyGT) üle-euroopalisi uuringuid; ja välja töötada raamistik, mis hõlbustaks mõlema eriala rakendamist tavapärases kliinilises ravis. Psühhiaatrilised häired on levinud: hinnanguliselt on skisofreenia, bipolaarse häire ja depressiivse häire kujunemise riskid elu jooksul umbes 1-3%. Viimasel kümnendil on psühhiaatrilises geneetikas tehtud suuri edusamme. Tavapärases kliinilises praktikas pole praegu saadaval ühtegi valideeritud, suure usaldusväärsusega diagnostilist PsyGT testi. Sellegipoolest, võttes arvesse hiljutisi geneetika alaseid avastusi (eriti kõrge skisofreeniariskiga seotud patogeensete koopia-arvu variantide kindlakstegemist), on praegu sellise testimise loomiseks tehtamas suuri jõupingutusi. Psühhiaatrilise geneetika olulisemad edusammud on pälvinud meedias laia kajastamist ning patsientide ja nende pereliikmete teadlikkus geneetika rollist psühhiaatriliste häirete kujunemisel on kasvamas. Eeldatakse, et nõudlus psühhiaatrilise geneetika alasele kvaliteetsele teabele, mis tõenäoliselt esitatakse PsyGC kujul, suureneb. EnGagE on teadmiste jagamise ja ekspertiisi tugevdamise võrgustik, kuhu kuuluvad prekliinilised ja kliinilised teadlased neuroteaduste, psühhiaatrilise geneetika, psühhosotsiaalsete uuringute ja eetika valdkondadest; arstid psühhiaatria, psühholoogia ja meditsiinigeneetika valdkondadest; geneetika alased nõustajad ja teadlased diagnostiliste geenitestidega tegelevatest laboritest Euroopast ja mujalt. EnGagE loob raamistiku PsyGC ja PsyGT jaoks; töötab välja standardiseeritud suunised, praktikasoovitused ja uurimisprotokollid; jagab teaduslikke teadmisi ja andmeid ning pakub standardiseeritud koolitust PsyGC ja PsyGT valdkonnas.

Uuring keskendub antropomeetrilistele tunnustele – tüsedus [kehamassiindeks ja vöö-puusa ümbermõõt] ja kehapikkus – ning läbi suuremate valimite, täielikemate genoomi variatsiooniandmebaaside ja innovaatiliste arvutusalgoritmidega üritab tuvastada täiendavaid tunnustega põhjuslikult seotud mutatsioone kogu alleelisageduste sketri ulatuses.

Viimaste aastate edusammud inimese geneetika sealhulgas vana-DNA valdkonnas on näidanud, et Eestlaste, nagu ka teiste Eurooplaste, geneetiline päritolu on summa erinevate evolutsiooniliste ajalugudega inimgruppidest, kes kohtusid selles piirkonnas pärast jää taandumist. Kõik need inimgrupid kandsid erinevaid geenivariante, mis mõjutavad füsioloogilisi ja käitumuslikke protsesse ning vormisid tänaste eestlaste geneetilise pagasi. Käesoleva projekti raames tuvastatakse Eesti Geenivaramus hiljuti järjendatud 2500 kogu genoomi järjestustes nimetatud inimgruppidelt päritud komponendid, ning leitakse neis fenotüüpi mõjutavad geenivariandid. Arvestades tänapäeva Eesti genoomide unikaalsust, valgustab selline lähenemine meie piironna geneetilise varieeruvuse ja haiguskoormuse seoste evolutsioonilist alust. Planeerime sarnast lähenemist kasutada ka teiste Euroopa populatsioonide uurimisel.

Me uurime, kuidas geenid ja keskkond (GxE) omavahel kombineerudes mõjutavad haridustaseme ja tervise ebavõrdsuste tekkimist elu jooksul. Me läheme sügavamale vanast “loodus vs kasvatus” arutelust ning katsetame kahte uut hüpoteesi: i) soodsasse keskkonda sündinud lapsed suudavad oma geneetiliselt määratud haridus-potentsiaalini kergemini jõuda ja (ii) privilegeeritud keskkond kaitseb geneetilist vastuvõtlikkust riskantsele tervisekäitumisele. Me ühendame uuenduslikult meetodeid geneetikast ja sotsiaalteadusetest. Tuginedes geneetiliste variantide avastamisele, millel on leitud tugevaid seoseid käitumuslike tagajärgedega, ja nii keskkonna kui ka geenide kohta käivate suurte andmekogumite hiljutise paranenud kättesaadavusega, omame enneolematud võimalusi täiustamaks seniseid puudujääke teadmistes, mis puudutavad geenide ja keskkonna kombineeritud rolli ebavõrdsuste tekkel.

Arvestades keskkonna endogeenset, mitmekülgset ja dünaamilist olemust, tõotab uurimus püsivat mõju, määrates kindlaks ebavõrdsust vähendavad poliitilised meetmed. Näiteks katsetame, kas kvaliteetse lapsehoiu abil saab parandada geneetiliselt ebasoodsas seisundis oleva inimesese haridustaseme saavutust. Neli noort tuumik-teadlast juhendavad nooremaid noor-teadlasi, saades kasu maailma juhtivate ekspertide nõuannetest ja toetusest järgmistes valdkondades (i) hariduse geneetika, (ii) geneetiline epidemioloogia (iii ) (Neuro-) bioloogiline psühholoogia, (iv) sotsiaal-majanduslikud tervisega seotud ebavõrdsusused ja (v) ökonomeetria.

Vaatamata farmakogeneetika-alase teaduse arengule, on ravimite kasutamisel esinev inimeste vaheline varieeruvus ravimite lagundamisel ning nende toksilise mõju avaldumisel jätkuvalt suur probleem. Hiljuti on juhitud tähelepanu haruldaste geenivariantide tähtsusele ravimite lagundamise ja transpordiga seotud geenides. Käesoleva uuringu eesmärk on luua andmebaas sagedastest ja haruldastest geneetilistest variantidest, mis on seotud ebapiisava ravimitoime või ravimi kõrvaltoimetega. Eesmärgi saavutamiseks kasutatakse geeniandmed koos põhjalikke terviseandmetega, sh haigekassa retseptid ning ravimite kõrvaltoime diagnoosid. Leitud geeni-kõrvaltoime seosed kinnitatakse funktsionaalsete ja farmakokineetiliste uuringutega. Tulemustena saadakse  nimekiri geenivariantidest, mida kasutada ennetavaks farmakogeneetiliseks testimiseks. Sel viisil on võimalik vähendada ravimi ebapiisavast toimest ning ravimite kõrvaltoimetest tingitud ebavajalikku kahju inimeste tervisele ja riigi majandusele.

TÜ Kliinikumi juhitav konsortsium, kuhu kuuluvad veel Põhja Eesti Regionaalhaigla, Tartu Ülikool ja Tallinna Tehnikaülikool, viivad läbi kolmeaastast personaalmeditsiini kliinilist juhtprojekti, mille eesmärk on luua kliiniline usaldusväärsus geeniandmete kasutamiseks igapäevases praktilises meditsiinis. Toimub geneetilise informatsiooni kliiniline valideerimine. See projekt uurib, kuidas tagada tagasiside usaldusväärsus ja hea nõustamine siis, kui muudele terviseandmetele lisatakse geeniandmed. Projekti raames toimub uurimine kahes näidisvaldkonnas - rinnavähk ning südame-veresoonkonna haigused (müokardiinfarkt). Projekti ajal saavad juba tagasisidet rohkem kui 2000 geenidoonorit, keda perearstid ja onkoloogid ning meditsiinigeneetikud ka vajadusel täiendavalt uurivad ja ravivad. Kui antud projekt 2020. aastal lõppeb, oskab riik paremini otsustada, kuidas on kõige parem tagasisidet geenidoonoritele anda. Projekti on kaasatud geenidoonorid, kes liitusid geenivaramuga enne 2018. aastat.

On tõestatud, et tuhanded veres ringlevad valgud on tunnusteks arenevale haigusele, ravivastusele või patsiendi prognoosile. Nende väikeste molekulaarsete biomarkerite tuvastamine omab suurt potensiaali lihtsate vereanalüüside põhjal oluliselt parandada personaalmeditsiini. Näiteks on biomarkerite (nt kartsinoembrüonaalne antigeen (CEA)) kasutamine jämesoolevähiga patsientide diagnoosimisel ja prognoosimisel oluliselt parandanud elulemust ja vähendanud tervishoiukulusid. Kahjuks, vaatamata märkimisväärsetele investeeringutele biomarkerite alaste teadusuuringute arvu suurendamiseks, on kliinilises praktikas rakendatud ainult ~150 biomarkerit tuhandetest tuvastatud biomarkeritest. Selle põhjuseks on peamiselt aeganõudev protsess biomarkerite usaldusväärseks tuvastamiseks, biomarkerite kliinilist väärtust määravate uuringute reprodutseerimatus ning akadeemiliste ringkondade poolt läbi viidud uuringute ning regulatiivsete ja turu heakskiidu jaoks vajalike uuringute nõuete mittevastavus. Selle asemel, et veelgi suurendada biomarkerite avastamisega tegelevate uuringute arvu, on CliniMARK’i eesmärgiks suurendada kliiniliselt kinnitatud biomarkerite arvu läbi uuringute kvaliteedi ja reprodutseeritavuste suurendamise ning läbi ühtse biomarkerite arendamise protokolli loomise alates avastamisest kuni turule toomiseni. CliniMARK soovib nimetatud eesmärgi saavutada, luues BestBiomarker Practice (BBP) ühingu, mis annab juhiseid: kuidas klassifitseerida biomarkerid vastavalt nende omadustele, eeldatavale kliinilisele kasutusele ja nende arendamise faasile; kuidas valida ja valideerida asjakohaseid teadustöö tasemel biomarkerite tuvastamise teste; kuidas valida sobiv uuringu disain ja bioloogilised proovid, et biomarkereid kliiniliselt usaldusväärselt ja reprodutseeritavalt kinnitada; ning kuidas valida ja raporteerida asjakohaste kliiniliste andmete salvestamist, biomarkerite andmete salvestamist, andmeanalüüsi protokolle, privaatsusprobleeme, eetilisi probleeme ja statistilise analüüsi meetodeid. CliniMARK loob kõrge-tasemelise üle-euroopalise koostöövõrgustiku, mis koosneb multidistsiplinaarsetest ekspertidest, kes tegelevad valgu biomarkerite avastamise, biomarkerite tasuvusuuringute ning biomarkeritestide väljatöötamise ja kliinilise valideerimisega. CliniMARKi eksperdid loovad „hea biomarkeri tava“ juhised biomarkerite mõõtmise ja kliiniliste teostatavusuuringute tarbeks ning rakendavad neid juhiseid COPD biomarkerite suhtes.

ELIXIR (European Life Sciences Infrastructure for Biological Information) on ESFRI bioloogiliste

andmete ja bioinformaatika teadustaristu, mille eesmärk on tagada andmebaaside, tarkvara, arvutiressursi ja kasutajakoolituse piirangutevaba kasutamine ja kestlik areng. Taristu on iseloomult globaalne, see katab Euroopas hallatavaid maailma kõikide oluliste eluteaduste andmete (inimese ja teiste liikide DNA, RNA, valkude, järjestuse, struktuuri, molekulide, bioloogiliste radade, eksperimentide tulemused, teaduskirjanduse, jne) andmebaasid, tööriistad, arvutusressursid, vajaliku standardiseerimise ja koolituse. ELIXIRi hajusa struktuuri eesmärk on erinevate osapoolte tugevuste baasil ühtse omavahel ühilduva bioinformaatika taristu loomine. Sel viisil on võimalik erinevaid tööriistu kergemini arendada ja ühendada ning hõlbustada teadlastel (kõigi eluteaduste esindajad) tulemuste tõlgendamist. ELIXIR koordineerib üle Euroopalist ja veel laiemat ühtsete standardite ja parimate tavade määratlemist ja aitab neid ka juurutada. Lõppkasutajatele võimaldab korrastatud taristu lihtsama, standardiseeritud kõrge käideldavusega ligipääsu kõigile olulisimatele andmetele, ressurssidele ja tööriistadele ning tarkvarale. Eesti on liitunud ELIXIR riikidevahelise rahvusvahelise koostööleppega ELIXIR-Eesti (ELIXIR-EE) nime all. ELIXIR-EE võimaldab Eestil panustada rahvusvahelisse bioinformaatika infrastruktuuri ning hoida Eestit kiiresti areneva valdkonna kaardil. ELIXIR Eesti eesmärk on ühildada Eestis loodud üksikud tööriistad ja andmebaasid üleeuroopalise taristu olulisteks komponentideks, tagades ühtsed standardid, teenuste ajakohasuse ja kõrge kvaliteedi. Koos Euroopa partneritega arendatakse tuumikteenuseid, tehnilist taristut, turvalisi pilvelahendusi, standardeid ja koostöövõime raamistikke, edendatakse suhtlust globaalsete andmete halduse kogukondadega, töötatakse välja ja jagatakse koolitusi. ELIXIR Eesti ülesanne on osaleda rahvusvahelises tööjaotuses ja lisaks panna alus Eestisisesele bioinformaatika teenuste pakkumisele. 

Ettepanek on Medicina valdkonna teaduse kvaliteedi ja efektiivsuse tagamisel üheks esmaseks prioriteediks ning tegevuse „ Teaduse kvaliteedi ja efektiivsuse tõstmisele suunatud tegevused ja rahvusvahelistumine, teadusinfrastruktuur“ alla. Ettepaneku sisuks on tuumiklaborite tugevdamine aparatuurse baasi edasiarendamise ja kaasajastamise kaudu ning võimalike laboritöökohade sisustamine koostööpakkumiseks ettevõtetele.

Laiemaks eesmärgiks on valdkonnas olemasolevate tuumiklaborite baasil välja arendada ühtne kompetentsikeskus, mis tagaks olemasolevate tehnoloogiate jätkusuutliku edasiarendamise. Tegevus haarab seega endas nii infrastruktuuri uuendamist kui kasutuskompetentsi arendamist. Tegevuse lõppeesmärgiks on pakkuda kõrgeimal tasemel oskusteavet ettevõtlusele ja tervishoiusektorile.

Projekti eesmärk on EBK ja Eesti teaduse rahvusvahelise konkurentsivõime tõstmine geenitehnoloogia alal. Loome ülikõrge sensitiivsusega biomolekulide analüüsi labori ning kaks uut teadusgruppi. Esimene neist keskendub vanadest proovidest DNA eraldamise, rikastamise ja sekveneerimise tehnoloogiate arendamisele.Teise teadusgrupi fookuses on moodsate populatsioonigeneetika meetodite väljatöötamine ja rakendamine. Paranevad nii õppe- kui teadustöö kvaliteet ning tõuseb koostöö maht ettevõtlusega.

Projekti eesmärgiks on Eesti Genoomikakeskuse (EGK) kui riiklikult tähtsa funktsionaalse infrastruktuuri terviklik väljaarendamine. TÜ EGV osaleb Euroopa teaduse infrastruktuuri BBMRI-ERIC ( Euroopa biopankade konsortsiumi) tegevustes, kus täidetakse Eesti keskuse (node’i) rolli.
Projekti detailsed eesmärgid on järgmised:
a).TÜ EGV viib lõpule geenikaartide tegemise kõikidele geenidoonoritele – tehakse vähemalt 30 000 uut geenikaarti uue kõrgtiheda kiibiga. Sellega jõuab TÜ EGV infrastruktuuri arendamise faas lõpule. Luuakse maailmas unikaalne andmekogu kus 50 000 gd DNA profiilid on seotud elektroonilise haiguslooga.
b).TÜ EGV täiendab Geenivaramu andmekogu kvalitatiivselt uue mooduliga - mikroobikoosluse proovidega soolestikust, jt. paikmetest. Kogutakse soolestiku mikroobiproovid esialgu kuni 2000 geenidoonorilt.
c.)TÜ EGV arendab edasi juba loodud andmebaasi fenotüüp-genotüüp analüüsimootoreid, eesmärgiga muuta projekti eelmises etapis loodud andmekogu teaduspartneritele ja erasektorile atraktiivsemaks.
d.) Olemasoleva andmestiku a) kureerimine, mis tõstab andmete kvaliteeti ja lihtsustab formaatide tehniliste platvormide vahelist ülekannet, b) järkjärguline imputeerimine kasutades selleks olemasolevaid 2500 gd-le tehtud DNA täisjärjestusi võimaldab viia EGK andmekogude kvaliteedi uuele tasemele.

e) EBK loob temporaalse genoomiandmete referentsbaasi, mis koosneb hinnaguliselt ca 426-st madala katvusega (0.1X), 300-st inimDNA kinnipüüdmismeetodiga sekveneeritud genoomist ning 5-st kõrge katvusega (20X) inimgenoomi DNA järjestusest, mis on sekveneeritud arheoloogiliselt hästi kirjeldatud leiukohtadest pärit inimsäilmetest.

Genoomika ja Siirdemeditsiini tippkeskuse tegevuse eesmärgiks on kasutada uusimaid teadusavastusi genoomikas haiguste molekulaarsete mehhanismide paremaks mõistmiseks. Tippkeskuse uus interdistsiplinaarne keskkond võimaldab tipptasemel oomikatehnoloogia abil saadud andmeid tõlgendada ja kiiresti ära kasutada. Keskus uurib haiguste geneetilisi ja bioloogilisi mehhanisme 1) uurides DNA-järjestuse variante, mis mõjutavad haiguste teket kasutades ulatuslike genoomi skriiningu meetodeid, ja 2) uurides nende variantide rolli haigust tekkes kasutades molekulaar- ja rakubioloogia tehnikaid, täiendades neid loommudelite kasutamisega. See annab teadlastele suurepärase platvormi avastamaks olulisi haigusi soodustavaid bioloogilisi mehhanisme. Eeldatakse, et projekti väljundid aitavad lahti harutada keerukate haiguse aluseks olevaid protsesse, tuvastada uusi terapeutilisi sihtmärke ja võimaldavad välja töötada uusi lähenemisviise haiguste ennetuses ja personaalmeditsiinis, millel saab olema suur mõju tervisesektorile Euroopas ja mujal maailmas.