Genoomika instituut ootab kandideerima doktorantuuri
Sel kevadel avab Tartu Ülikool doktorantuuriks 182 õppekohta. Neist 7 genoomika instituudis.
Kandideerima oodatakse kõiki, kel on soov luua uusi teadmisi ning jätkata karjääriteed teadlase, tippspetsialisti või juhina. Valdavalt võetakse doktorante vastu nooremteaduri kohtadele, et luua neile paremad eeldused täiskoormusega teadustööle pühendumiseks.
Kandidaadid peavad valima lõputöö projektide nimekirjast. Kandideerimisperioodil ei ole võimalik kandideerida oma teemaga.
Kandideerimiseks avatud teemad genoomika instituudis:
Juhendajad: Erik Abner, Prof. Elin Org
Selle doktoritöö eesmärk on selgitada välja krooniliste hingamisteede haiguste geneetiline taust, keskendudes hingamisteede viirusinfektsioonide ja peremeesorganismi geneetika vastastikmõjule. Kasutades Eesti geenivaramu tervise- ja geneetikaandmeid ning ninaneelu-kaapeproove, tuvastatakse selles uuringus viirusnakkuste geneetilisi riskitegureid ja nende rolli haiguste tekkes. Esmased analüüsid on tuvastanud paljulubavaid geneetilisi variante, mis on seotud kopsude põletikureaktsioonide regulatsiooniga ja võivad soodustada RSV bronhioliidi ning krooniliste kopsuhaiguste teket. Projekt rakendab bioinformaatilisi meetodeid, et kaardistada krooniliste kopsuhaiguste geneetilised mehhanismid ning nende seosed viirusnakkustega. Analüüs keskendub geneetiliste eelsoodumustegurite ja keskkonnamõjude, eelkõige viirusnakkuste, vastastikmõjule haiguse kujunemisel. Lisaks tuvastatakse krooniliste kopsuhaiguste geneetilised ja fenotüübilised kattuvused, et eristada haiguse aluseks olevaid molekulaarseid mehhanisme ning määratleda patogeneesi ühised ja spetsiifilised tegurid.. Mõistmaks peremeesorganismi geneetika ja viirusinfektsioonide vastastikmõju, integreeritakse projektis viirusinfektsioonide andmestike fenotüübilised ja geneetilised andmed, analüüsides geneetilise eelsoodumuse ja nakkusmustrite vahelisi korrelatsioone. Viiruste tüvede täpseks tuvastamiseks ninakaapeproovidest kasutatakse RNA sekveneerimist, mis võimaldab detailseid analüüse konkreetsete viirustüvede ja peremeesorganismi geneetika vastastiktoimete kohta. Need lähenemised annavad ülevaate geneetilistest ja keskkonnateguritest, mis soodustavad krooniliste hingamisteede haiguste arengut ja progresseerumist viirusinfektsioonide kontekstis. Uurimistöö tulemused aitavad paremini mõista nakkushaiguste ja krooniliste seisundite vahelisi seoseid, luues eeldused personaliseeritud ennetusstrateegiate ja sihipäraste ravimeetodite väljatöötamiseks.
Juhendajad: Jaanika Kronberg, Oliver Aasmets
Selle doktoriõppeprojekti eesmärk on uurida eksposoomi, metaboliitide ja geneetilise riski rolli kõrgvererõhktõve arenemisel. Doktoriõppeprojekt kasutab andmestikke, teadmisi ja koostöid käimasolevatest eksposoomiprojektidest Genoomika Instituudis, keskendudes kõrgvererõhktõvele, mis on oluline riskitegur mitmetele mittenakkuslikele haigustele. Doktoriprojekt tugineb ka käimasolevatele metaboloomika ja haigustevaheliste seoste analüüsidele PRG1291 projektis. Doktoriõppeprojekt on jaotatud 3 artikliks.
Artikkel 1 rakendab eksposoomianalüüsi, et mõista keskkonnategurite rolli kõrgvererõhktõve tekkel. Tudeng kasutab eksposoomiandmeid EXPANSE projektist, fenotüübidefinitsioone PRG1291 projektist ja 210,000 Eesti Geenivaramu geenidoonori diagnoosiandmeid elulemusanalüüsiks.
Artikkel 2 kombineerib geneetilise riski ja eksposoomiandmed. Tudeng klasterdab eksposoomiandmed, kasutades nii õhukvaliteedi- kui elukeskkonna tüübi andmeid ning lisaks sotsiaalse keskkonna andmeid. Geneetilised riskiskoorid arendatakse avalike andmete põhjal GWAS kataloogist. Uuritakse PRS-de ja eksposoomiklastrite üksikuid ja kombineeritud efekte.
Artikkel 3 kasutab artiklite 1 ja 2 tulemusi, ja analüüsib kõrgvererõhktõve mediatsioonianalüüsi meetoditega, kus kombineeritakse geneetiline risk ja eksposoom (exposures) ja metaboliidid kui potentsiaalsed vahendajad (mediators).
Juhendajad: Mait Metspalu, Reedik Mägi, Luca Pagani, Vasili Pankratov
Genoomi järjendamine võimaldab tuvastada haruldasi monogeenseid haigusi, mis mõjutavad 5-7% inimestest. Polügeensed riskiskoorid (PRS) kombineerivad kombineerivad aga väga paljude geneenivariantide mõju suhtelise geneetilise riski hindamiseks enamuste haiguste puhul. Selliste haiguste põhjused on tavaliselt kombinatsioon keskkonnamõjust ja väga paljude geenivariantide mõjust nii, et iga üksiku geenivariandi mõju on imepisike.
PRSe saab kasutada:
a) tõhustamaks rahvastiku stratifikatsiooni sõeluuringuteprogrammides
b) terviseotsuste langetamisel, tuvastamaks kaasuvaid haigusi ja rühmitades inimesi bioloogiliste radade järgi.
Väljakutsed hõlmavad PRS-i ülekantavust erinevatele populatsioonidele, hindamise ebakindlust, polügeense ja monogeense riski integreerimist ning demograafiliste tegurite arvesse võtmist. Päritoluspetsiifilise PRS-i täpsus varieerub homogeensetes rühmades, innustades uurimistööd päritoluinformeeritud PRS-i täiustamiseks ja ennustamistäpsuse hindamist konkreetsetes andmekogudes, nagu Eesti Geenivaramu. Doktoriprojekti eesmärgid hõlmavad päritolu spetsiifilise PRS-i täpsustamist, ennustamistäpsuse hindamist mitmekesistes kogudes, LD-skooride võrdlemist ja meetodite uurimist PRS-i ülekantavuse probleemide leevendamiseks.
Juhendajad: Teele Palumaa, Priit Palta
Selle doktoriõppe teadusprojekti eesmärk on uurida silmahaiguste geneetilisi ja metaboolseid mehhanisme ning nende seoseid eluviiside ja süsteemsete haigustega. Projekti aluseks on integreeritud lähenemine, mis ühendab epidemioloogia, geneetika ja metaboloomika. Doktorant osaleb praktikal Ida-Tallinna Keskhaigla Silmakliinikus, et omandada teadmisi Eesti tervishoiusüsteemi toimimisest, mis võimaldab täpset fenotüpiseerimist ja keerukamate analüüside läbiviimist. Esiteks keskendub projekt silmahaiguste geneetiliste ja metaboolsete alustalade iseloomustamisele, kasutades täpset fenotüpiseerimist olemasolevatest tervishoiuandmetest. Geneetiliste assotsiatsiooniuuringute (GWAS) ja metaboloomiliste analüüside abil tuvastatakse silmahaiguste levimuse ja progresseerumisega seotud geneetilised variandid ja metaboolsed profiilid ning tulemusi valideeritakse välistes andmestikes, nagu UK Biobank ja FinnGen. Teiseks uurib projekt, kuidas eluviisid, näiteks kehaline aktiivsus, toitumine, suitsetamine, uni ja ööpäevarütmid mõjutavad silmahaiguste riski. Kasutades fenoomi assotsiatsiooniuuringuid, GWAS-analüüse ning polügeenseid riskiskoore, tehakse kindlaks eluviiside ja silmahaiguste vahelised ühised bioloogilised rajad, pakkudes teadmisi ennetus- ja rahvatervise strateegiate väljatöötamiseks. Viimaks uurib projekt kahepoolseid seoseid silmahaiguste ja süsteemsete seisundite, sealhulgas südame-veresoonkonna, diabeedi ja kõrgvererõhktõve vahel. Keerukad järelanalüüsid aitavad tuvastada silmahaiguste ja süsteemse tervise probleemide vahelisi ühiseid mehhanisme ja põhjuslikke seoseid. Kokkuvõttes annab projekt doktorandile kõrgtasemel teadustööoskused ja põhjalikud teadmised Eesti Geenivaramu tervishoiuandmetest, võimaldades tal anda märkimisväärne panus nii akadeemilisse uurimistöösse kui personaalmeditsiini arengusse.
Juhendajad: Lehti Saag, Kristiina Tambets, Alena Kushniarevich
Käesolev projekt keskendub meie arusaamise edendamisele Läänemere idaosa geneetilisest ajaloost vana DNA analüüsi ja uudsete bioinformaatiliste meetodite integreerimise kaudu. Vana DNA võimaldab saada rikkalikke teadmisi inimeste minevikurännetest, kohastumisest ja sotsiaalsest struktuurist, kuid pakub väljakutseid DNA degradeerumise ja saastuse tõttu. Traditsioonilised vana DNA uuringud tuginevad peamiselt alleelisageduste erinevustele, kuid hiljutised arengud imputeerimismeetodites ja haplotüübipõhistes analüüsides pakuvad uusi võimalusi mineviku populatsioonide täpsemaks geneetiliseks rekonstrueerimiseks. Projekti eesmärk on parandada Läänemere idaosa geneetilise ajaloo mõistmist, kasutades nii traditsioonilisi alleelisageduste analüüse kui ka keerukamaid haplotüübipõhiseid lähenemisviise. Esimene eesmärk on ammuste Läänemere idaosa elanike genoomiandmete töötlemine ja analüüsimine alleelisagedustel põhinevate meetodite abil. See annab laia ülevaate geneetilisest lähedusest ja populatsiooni ajaloost. Teine eesmärk keskendub haplotüübipõhistele analüüsidele, mis rikastatud võrdluspaneeli abil genotüüpide imputeerimise järel võimaldavad saada täpsemat ülevaadet piirkonna segunemisprotsessidest ja sugulussüsteemidest. Viimase eesmärgina püüab projekt tuua selgustinimpopulatsioonide ja keskkonna vahelisi suhteid puudutavasse teemadesse, kogudes selleks materiaalse kultuuri, kliima ja taimestiku kohta ajalisruumilisi andmeid. Neid andmeid kasutades mudeldab projekt, kuidas aja jooksul toimuvad muutused geneetilises päritolus suhestuvad keskkonna- ja kultuurimuutustega. Kokkuvõtvalt on projekti eesmärk aidata kaasa Läänemere idakalda geneetilise ajaloo ning selle laiemate mõjude inimpopulatsiooni dünaamikale ja minevikuühiskondadele sügavamale ja üksikasjalikumale mõistmisele.
Juhendajad: Triin Laisk, Reedik Mägi
Naissuguhormoonide, nagu östrogeen ja progesteroon, tsüklilised kõikumised mõjutavad naiste füüsilist, emotsionaalset ja kognitiivset tervist. Tundlikkus nende hormoonide suhtes on levinud, kuid tihti alahinnatud ja alaraporteeritud. Individuaalset hormoontundlikkust peegeldavad näiteks premenstruaalne sündroom (PMS), reaktsioon hormonaalsetele ravimitele, teatud rasedusega seotud seisundid ja (peri)menopausaalsed sümptomid. Kuigi hormonaalset tundlikkust peegeldavad seisundud on osaliselt pärilikud, on nende geneetilised tegurid suures osas kirjeldamata. Projekt põhineb Eesti Geenivaramu 210 000 osaleja andmetel, kellest 136 000 on naised. Uurimuse eesmärk on kaardistada hormonaalse tundlikkuse geneetiline arhitektuur ja selle bioloogilised alused.
Juhendajad: Ene Reimann, Reedik Mägi
Antud projektis soovime kaardistada geneetiliste faktorite rolli krooniliste põletikuliste haiguste, nagu osteoartriit (OA), reumatoidartriit (RA) ja spondülartriit (SpA) väljakujunemisel ja progresseerumisel. Reumaatilised haigused on väga levinud, mõjutades enam kui 40% Euroopa elanikkonnast ja põhjustades märkimisväärset haigestumust, valu ja eluea lühenemist. Projekti käigus uurime Eesti Biopanga andmete põhjal haiguse tekkeni viivaid sündmusi. Kasutame standardiseeritud GWAS-analüüsi töövoogu, et hinnata seoseid geneetiliste variatsioonide ning reumaatiliste haiguste ja põletiku vahel, et tuvastada potentsiaalseid geneetilisi biomarkereid. Samuti analüüsime seoseid metaboliitide profiiliga, kasutades Eesti Biopangas saadaolevaid NMR metaboloomika andmeid. Neid andmeid koos teiste saadaolevate omika andmekogumite ja riskiskooridega kasutame reumaatiliste haiguste uute riskiennustusmudelite koostamiseks. Selle projekti raames soovime kaardistada ka erinevate luu- ja lihaskonna haiguste jagatud geneetilist profiili.
Loodus ja täppisteaduste valdkonnas tuleb kõikidel kandidaatidel esitada koos avaldusega SAIS-is motivatsioonikiri ja CV. Kandidaate hinnatakse motivatsioonikirja ja sisseastumisintervjuu alusel. (välja arvatud loodusteadusliku hariduse eriala, kus motivatsioonikirja asemel tuleb esitada doktoritöö kavand)
Kandideeritakse väljakuulutatud projektidele.
Kandidaatide hindamine toimub kahes etapis:
- Pärast kandideerimisperioodi lõppu hindab vastuvõtukomisjon motivatsioonikirja, mis tuleb esitada koos avalduse ja CV-ga. Komisjon hindab motivatsioonikirju kuni 50 punktiga.
- Intervjuu viiakse läbi kandidaatidega, kelle motivatsioonikirja on hinnatud vähemalt 35 punktiga 50-st. Intervjuud hinnatakse samuti kuni 50 punktiga ja positiivseks loetakse tulemus, mis on vähemalt 35 punkti. Intervjuu aja kokku leppimiseks võtab ülikool kandidaadiga ühendust avaldusel märgitud kontaktidel.
Motivatsioonikirja ja intervjuu põhjal on võimalik saada maksimaalselt 100 punkti. Õppekohta pakutakse pingerea alusel parimatele kandidaatidele lähtuvalt õppekohtade arvust.
Loe veel sarnaseid uudiseid
