NGS ehk järgmise põlvkonna sekveneerimine
NGS (Next Generation Sequencing) ehk järgmise põlvkonna sekveneerimine võimaldab järjestada nii väikseid DNA fragmente kui kogu genoomi. Genoomika tuumiklaboris on olemas Illumina sekvenaatorid - MiSeq, NextSeq500 ja NextSeq2000.
Missuguseid analüüse saame läbi viia?
- Kogu genoomi resekveneerimine või de novo sekveneerimine
- Transkriptoomi sekveneerimine (RNAseq, mRNAseq, miRNAseq)
- DNA metülatsiooni analüüs
- Valk-DNA interaktsioonide analüüs (ChIPseq)
- Genoomi suunatud sekveneerimine
- Eksoomi sekveneerimine
- Amplikonide sekveneerimine
Masinad
MiSeq
Põhiliselt väiksemate genoomide (mikroorganismid) või amplikonide kiireks ja lihtsaks töötlemiseks.
NextSeq500
Paindlik sekvenaator väikese ja keskmise suurusega projektide jaoks.
NextSeq2000
Suure ulatusega väga mitmekülgne sekvenaator, sobilik muuhulgas nii väikeste genoomide järjestamiseks, eksoomi-, transkriptoomi- kui ka ühe raku tasemel uuringuteks.
