Mikrobioomi töögrupp

Madis Jaagura, PhD

• Töörühmaga seotud publikatsioon: “Comorbidities confound metabolomics studies of human disease”

Seungbaek Lee, PhD (visiting PhD student)

• Juhendajad: Andres Salumets, Elin Org, Terhi Piltonen, Riikka K. Arffman
• Teema: “Mining biomarkers for infertility-associated conditions. Studies on polycystic ovary syndrome and recurrent implantation failure through microbiome and AI-based approaches”

Lisann Adamson, MSc

• Juhendajad: Elin Org, Annabel Klemets
• Teema: "Differences in gut microbiota in patients with inflammatory bowel disease"

Linda Sootak, BSc

• Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org
• Teema: "Associations between the oral microbiome and colorectal cancer"

Claudia Maria Ruhno, BSc

• Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org
• Teema: "Hiiremudeli kasutamine inimese soolestiku mikrobioomi uurimiseks"
• E-mail: [email protected]

Johanna Toodu, BSc

• Juhendaja: Kertu Liis Krigul
• Teema: "Mikroobikoosluste analüüsi võimalikkus Eesti jämesoolevähi sõeluuringus kasutatavatest peitvere testi proovidest"

Valida Kazimova, BSc

• Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Ingrid Reppo, Elin Org
• Teema: Microbiome-drug interactions in Type II Diabetes
• E-mail: [email protected]

Jennifer Neumaier, MSc

• Juhendajad: Oliver Aasmets, Elin Org
• Teema: Benchmarking Machine Learning performances with Microbiome Data
• E-mail: [email protected]

Cheung Wai (Alex) Chan, MSc

• Juhendaja: Oliver Aasmets
• Teema: Gut microbiome in adjustment disorders
• Email: [email protected]

Kristina Muhu, MSc

• Juhendaja Oliver Aasmets
• Teema: "Log-suhte teisendustel põhinevad ennustusmudelid soolevähi diagnoosimiseks mikrobioomi andmetelt"

Triin Bulõgina, BSc

• Juhendaja: Oliver Aasmets
• Teema: "Mikrobioomil põhinevad ennustusmudelid soolevähi diagnoosimiseks"

Johana Värv (Koppel), MSc

• Juhendajad: Elin Org
• Teema: “Soolestiku mikroobide vahendusel moodustuv metaboliit trimetülamiin N-oksiid (TMAO) ja selle seosed tervisenäitajatega Soome populatsioonis”

Meie tervist kujundavad lisaks geenidele, elustiilivalikutele ja elukeskkonnale märkimisväärselt meiega koos elavad mikroorganismid. Iga inimese eri kehapiirkondades on talle iseloomulikud mikroobikooslused ehk mikrobioom, mille väljakujunemist ja püsimist mõjutavad kogu elu vältel mitmesugused tegurid - paljud neist veel teadmata. Eestlaste mikrobioomi projekti eesmärgiks on täiendada TÜ Eesti Geenivaramu andmestikku soolestiku ja suu mikroobikoosluse proovidega, mis võimaldaks paremini hinnata inimese tervislikku seisundit ning haigestumise riske. Mikrobioomi andmete sidumine geenidoonorite geneetiliste ning terviseandmetega võimaldab teostada laiapõhjalisemat analüüsi ning aidata kaasa personaalmeditsiini arengule.

Loe uuringu ja selle leidude kohta lähemalt SIIT.

Jämesoolevähk (ehk kolorektaalvähk) on üks enim surma põhjustavatest vähkidest nii Euroopas kui USAs. Eestis on kolorektaalvähi esinemissagedus on viimastel aastakümnetel pidevalt kasvanud, olles praegu umbes 1000 haigusjuhu ümber aastas. Jämesoolevähi puhul on laialdaselt uuritud nii geneetilisi kui ka epigeneetilisi muutusi ning lisaks elustiili ja keskkonnafaktorite toimeid. Jämesoolevähi tekkimisel on oluline mõju ka soolestiku mikrobioomil. Käesoleva uuringu eesmärk ongi hinnata suu ja soole mikrobioomi seoseid jämesoolevähi väljakujunemisega ning võimalusel parandada olemasolevate mitteinvasiivsete diagnostiliste meetodite ennustusvõimet hindamaks soole polüübist jämesoolevähi tekke riski. Uuringut viiakse läbi koostöös TÜ Kliinikumi sisekliiniku gastroenteroloogia osakonna ja kirurgiakliiniku kirurgilise ja günekoloogilise onkoloogia osakonnaga.

Põletikulised soolehaigused (Inflammatory Bowel Disease, IBD) nagu haavandiline koliit ning Crohni tõbi on kroonilised ägenemisega kulgevad seedetraktihaigused, mille levimus on maailmas aina rohkem suurenemas. Põletikuliste soolehaiguste diagnoosimine nõuab kulukaid invasiivseid meditsiinilisi protseduure. Haigussümptomid on patsientidele väga kurnavad, ravi kestab kogu elu, mistõttu avaldavad need haigused suurt mõju haigete elukvaliteedile. Käesoleva projekti eesmärk on tuvastada mikrobioomi seoseid põletikuliste soolehaiguste (haavandiline koliit ja Crohni tõbi) haiguskuluga ning hinnata nende haiguste ravi tõhusust seoses individuaalse soole mikrobioomimustriga. Uuringut viiakse läbi koostöös TÜ Kliinikumi sisekliiniku gastroenteroloogia osakonnaga.

Projekti eesmärk on uurida seoseid soolestiku mikrobioota, soolestiku läbilaskvuse ja süsteemse endotokseemia vahel. Lisaks püüame mõista nende mõju osteoartriiti, reumatoidartriiti ja spondüloartriiti haigestumisele ning haiguse aktiivusele, samuti nende mõju haiguste ennetamise ja ravimeetodite valikutele. Uurime põletikumarkerite esinemist kasutades Eesti geenivaramus olemasolevaid vereplasma proove ning analüüsime reumaatiliste haigustele omaseid mikrobioomiprofiile kasutades EstMB valimi mikrobioomiandmeid. Uuringus kogutakse täiendavaid andmeid ja proove kõrge reumaatiliste haiguste riskiga inimestelt. Projekti abil üritatakse leida reumaatiliste haiguste ja süsteemse endotokseemia varajasi markereid, selleks hinnatakse nende seoseid geneetiliste variatsioonide, metaboloomi, mikrobioomi, veremarkerite, erinevate kliiniliste näitajatega. Andmeid kasutatakse reumaatiliste haiguste riskiennustusmudelite koostamiseks. Uuringut viiakse läbi koostöös TÜ Kliinikumi traumatoloogia ja ortopeedia osakonnaga.

Viimaste aastate teadusuuringud on näidanud, et meie soolestiku bakterikooslus võib oluliselt mõjutada statiinravi tõhusust (nii ravimi sobivust kui ka tekkida võivaid kõrvaltoimeid). Projekti käigus kogutud soolestiku mikroobiproovide analüüs võimaldab meil uurida kahte aspekti: esiteks seda, kuidas soolestiku mikroobikooslus mõjutab statiinravi efektiivsust (ravimi sobivust ja kõrvaltoimete esinemist); ja teiseks seda, kuidas statiinide kastumine võib omakorda mõjutada soolestiku mikroobikooslust. Uuringut viiakse läbi koostöös Tartu Ülikooli peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituudiga.

Parkinsoni tõbi on levinud neuroloogiline komplekshaigus, mille all kannatab Euroopas umbes 1,2 miljonit inimest. Uuringu eesmärk on välja selgitada, milliseid mikroobid esinevad Parkinsoni tõvega patsientide soolekoosluses ja milliste seni teadmata keskkonnatekkeliste faktorite koosmõjul esinevad just tüüpilised või atüüpilised mikroobikooslused.

• EESTI EKSPERT ⟩ Ravimid võivad meie sooleelustikku jäädavalt muuta
  Postimees
  Kuula saadet
• Kes elab meie sees?
  Raadio 2 „Puust ja punaseks“
  Kuula saadet
• Antibiootikumidel on pikaajaline mõju soolestiku mikrobioomile
  Novaator
  Kuula saadet
• Kõhupisikud
  Vikerraadio „Labor“
  Kuula saadet
• Geneetikute töömailt
  Vikerraadio „Labor“
  Kuula saadet
• Inimese mikrobioomi uuringute minevik, olevik ja tulevik
  Elin Orgi inauguratsiooniloeng Tartu Ülikoolis
  Kuula loengut
• Mikrobioom on samasugune ökosüsteem nagu mets või märgala
  Postimees Teadus
  Loe artiklit
• Mikrobioom
  ERR „TeadusEST“
  Vaata järgi
• TÄISTUND – Eestit on vallutamas tõeline kakarevolutsioon
  Kanal 2 „Täistund“
  Vaata saadet
• INTERVJUU | Kuidas kõhubakterid ja antibiootikumid vaimset tervist mõjutavad?
  Tervis Pluss
  Loe artiklit
• Saladuseloor hajub: mikrobioomi rolli inimese heaolus on raske ületähtsustada
  Tervisegeenius
  Loe artiklit
• Antibiootikum - kas hunt lambanahas?
  Teaduste akadeemia „Teadus kolme minutiga“ finaalkonkurss
  Vaata järgi
• Soolebakterite liigirikkust laastab juba vähene antibiootikumide tarbimine
  Novaator
  Loe artiklit
• Doktorant leidis üle 300 uue bakteriliigi
  Novaator
  Loe artiklit
• Eestlaste mikroobikooslust võivad mõjutada kümnendi eest võetud ravimid
  Novaator / ETV "Terevisioon"
  Loe artiklit

• Metagenome-assembled genomes from a population-based cohort uncover novel gut species and within-species diversity, revealing prevalent disease associations. (2026). Pantiukh et al. mSystems. (Cover illustration of the issue)
• Human gut archaea collection from Estonian population. (2026). Pantiukh and Org. Scientific Data.
• Fecal microbiome predicts treatment response after the initiation of semaglutide or empagliflozin uptake (2026). Klemets et al. Scientific Reports.
• A hidden confounder for microbiome studies: medications used years before sample collection (2025). Aasmets et al. mSystems (Editor’s pick)
• A novel framework for assessing causal effect of microbiome on health: long-term antibiotic usage as an instrument. (2025). Taba et al. Gut Microbes.
• Faecal microbial load is a major determinant of gut microbiome variation and a confounder for disease associations. (2025). Nishijima et al. Cell.
• Effects of data transformation and model selection on feature importance in microbiome classification data. (2025). Karwowska & Aasmets et al. Microbiome.
• The reproductive tract microbiome in women with polycystic ovary syndrome and across different menstrual cycle phases. (2025). Lee & Aasmets et al. Human Reproduction.
• A history of repeated antibiotic usage leads to microbiota-dependent mucus defects (2024). Krigul & Feeney et al. Gut microbes.
• Association of Accelerometer‐Determined Physical Activity and Sedentary Behavior With the Gut Microbiome in Middle‐Aged Women: A Compositional Data Approach. (2024). Pérez-Prieto et al. Scandinavian Journal of Medicine & Science in Sports.
• Gut microbiome in endometriosis: a cohort study on 1000 individuals. (2024). Pérez-Prieto et al. BMC medicine.
• Comorbidities confound metabolomics studies of human disease. (2024). Jaagura et al. Scientific Reports.
• Gut bacteriome and mood disorders in women with PCOS. (2024). Lee et al. Human Reproduction.
• Cell-Free Microbial DNA Analysis: Effects of Blood Plasma and Serum Quantity, Biobanking Protocols, and Isolation Kits. (2024). Nikitina et al. Biopreservation and Biobanking.
• A toolbox of machine learning software to support microbiome analysis (2023). Marcos-Zambrano et al. Frontiers in microbiology.
• Uterine Microbiome: Does the Sampling Technique Matter?. (2023). Lüll & Org Seminars in Reproductive Medicine.
• Gut metagenome associations with extensive digital health data in a volunteer-based Estonian microbiome cohort. (2022). Aasmets & Krigul et al. Nature Communications.
• Evaluating the clinical relevance of the enterotypes in the Estonian microbiome cohort. (2022). Aasmets et al. Frontiers in Genetics.
• Differences in microbial profile of endometrial fluid and tissue samples in women with in vitro fertilization failure are driven by Lactobacillus abundance (2022). Lüll et al. Acta Obstetricia et Gynecologica Scandinavica
• Machine Learning Reveals Time-Varying Microbial Predictors with Complex Effects on Glucose Regulation. (2021). Aasmets et al. mSystems.
• Using fecal immunochemical tubes for the analysis of the gut microbiome has the potential to improve colorectal cancer screening. (2021). Krigul et al. Scientific Reports.
• Large-scale association analyses identify host factors influencing human gut microbiome composition. (2021). Kurilshikov et al. Nature Genetics.
• Applications of Machine Learning in Human Microbiome Studies: A Review on Feature Selection, Biomarker Identification, Disease Prediction and Treatment. (2021). Marcos-Zambrano et al. Frontiers in Microbiology
• The gut microbiome in polycystic ovary syndrome and its association with metabolic traits. (2021). Lüll et al. The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism