Mikrobioomi töögrupp
Inimese seedetraktis koloniseerub tohutu hulk väga erinevaid mikroorganisme, kes omavad üliolulist rolli meie tervise kujundamisel, mõjutades immuunsüsteemi, ainevahetuse ja närvisüsteemi toimimist. Mikrobioomi koosseisu ja funktsioneerimist mõjutavad paljud erinevad faktorid (sugu, vanus, toit, geneetika, elukeskkond, tervis jne) ning nende seoste mõistmine annab olulised teadmised mikrobioomi põhinevatele uuringutele.
Meie uurimisgrupp tegeleb mikrobioomi ja tervise vaheliste seoste uurimisega, mille käigus püüame välja selgitada mikrobioomi sobivust haigusi ennetavaks või varajaseks markeriks, leida mikrobioomi seoseid haiguse erinevate staadiumitega ning samuti hinnata mikrobioomi seoseid ravimite toimele.
Ülevaade töögrupist
Elin Org
PhD, kaasprofessor
Töögrupi juht
Oliver Aasmets
Doktorant
MSc, matemaatika ja statistika
Projektid:
Eestlaste mikrobioomi projekt,
Metaboolsed haigused,
Mikrobioomi mõju põletikuliste soolehaiguste kujunemisele ning ravile
Kertu Liis Krigul
Doktorant
MSc, biotehnoloogia
Projektid:
Eestlaste mikrobioomi projekt,
Mikrobioomi mõju põletikuliste soolehaiguste kujunemisele ning ravile,
Mikrobioomi roll jämesoolevähi tekkes
Kreete Lüll
Doktorant
MSc, geenitehnoloogia
Projektid:
Eestlaste mikrobioomi projekt,
Metaboolsed haigused,
Polütsüstiliste munasarjade sündroomi seosed mikrobioomiga,
Endomeetriumi mikrobioomi projekt
Magistritudengid
Annabel Raudsepp
BSc, geenitehnoloogia
Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org
Projekid:
Mikrobioomi mõju põletikuliste soolehaiguste kujunemisele ning ravile,
Mikrobioomi roll jämesoolevähi tekkes
Jennifer Neumaier
BSc
Juhendajad: Oliver Aasmets, Elin Org
Projektid:
Metaboolsed haigused
Cheung Wai (Alex) Chan
BSc
Juhendajad: Oliver Aasmets, Elin Org
Projektid:
Vaimse tervise seosed mikrobioomi muutustega
Bakalaureusetudengid
Valida Kazimova
Science and Technology (3. aasta)
Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org
Projektid: Diabeedi ravimid
Linda Sootak
Geenitehnoloogia (3. aasta)
Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org
Projektid: Mikrobioomi roll jämesoolevähi tekkes
Ülevaade käimasolevatest projektidest
Projekti eesmärgiks on täiendada Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu andmestikku soolestiku ja suu mikroobikoosluse proovidega, mis võimaldaks paremini hinnata inimese tervislikku seisundit ning haigestumise riske. Mikrobioomi andmete sidumine geenidoonorite geneetiliste ning terviseandmetega võimaldab teostada laiapõhjalisemat analüüsi ning aidata kaasa personaalmeditsiini arengule.
Proovi tüübid: sülg, väljaheide, vereplasma
Andmed analüüsimiseks: väljaheiteproovide metagenoom, indiviidide genotüübid, Elektroonilised terviseandmed, geenidoonorite poolt täidetud küsimustikud (tervis, keskkond-elustiil)
Soolehaigused
Uuringu eesmärk on hinnata suu ja soole mikrobioomi seoseid jämesoolevähi patogeneesiga ning võimalusel parandada olemasolevate mitteinvasiivsete diagnostiliste meetodite ennustusväärtust hindamaks soole polüübist jämesoolevähi tekke riski.
Kontakt: Kertu Liis Krigul (kertu.krigul@ut.ee)
The effect of the microbiome to the etiology and treatment of inflammatory bowel diseases
Projekti eesmärk on tuvastada mikrobioomi seoseid põletikuliste soolehaiguste (haavandiline koliit, HK ja Crohni tõbi, CT) patogeneesiga ning hinnata nende haiguste ravi efektiivsust seoses individuaalse soole mikrobioomi profiiliga.
Kontakt: Elin Org (elin.org@ut.ee)
Metaboolsed haigused
Kontakt: Oliver Aasmets (oliver.aasmets@ut.ee)
Kontakt: Elin Org (elin.org@ut.ee)
Naiste reproduktiivtervis ja selle seosed mikrobioomiga
Koostöös Oulu ülikooliga uuriti polütsüstiliste munasarjade sündroomi (PCOS) seost soolestiku mikrobioomiga ning vaadati, kas muutused soolestiku mikrobioomis on sõltuvuses polütsüstiliste sündroomiga seotud metaboolsete tunnustega, nagu kehamassiindeks ja teise tüübi diabeet.
Kontakt: Kreete Lüll (kreete.lull@ut.ee)
Projekti eesmärgiks on uurida, kas viljakusprobleemidega naiste, kes on läbinud kehavälise viljastamise (IVF) protseduuri, endomeetriumi koe ning emakasisese vedeliku mikroobikooslus on sarnane. Uuringuga soovime näha, kas endomeetriumi mikroboobikoosluse väljaselgitamiseks on võimalik kasutada koebiopsiast vähem invasiivset emakasisese vedeliku kogumise meetodit. Täiendavalt uurime, kas kroonilise endometriidiga naiste mikrobioom on erinev tervete naiste endometriidi mikroobioomist.
Kontakt: Kreete Lüll (kreete.lull@ut.ee)
Publikatsioonid
- Gut metagenome associations with extensive digital health data in a volunteer-based Estonian microbiome cohort (2022)
Autorid: Aasmets, O., Krigul, K.L., Lüll, K., Metspalu, A., Org, E.
Ajakiri: Nature Communications
Tutvu artikliga
-
Differences in microbial profile of endometrial fluid and tissue samples in women with in vitro fertilization failure are driven by Lactobacillus abundance (2022)
Autorid: Lüll, K., Saare, M., Peters, M., Kakhiani, E., Zhdanova, A., Salumets, A., Boyarsky, K., Org, E.
Ajakiri: Acta Obstetricia et Gynecologica Scandinavica
Tutvu artikliga -
Using fecal immunochemical tubes for the analysis of the gut microbiome has the potential to improve colorectal cancer screening (2021)
Autorid: Krigul, K.L., Aasmets, O., Lüll, K., Org, T., Org, E.
Ajakiri: Scientific Reports
Tutvu artikliga -
Large-scale association analyses identify host factors influencing human gut microbiome composition (2021)
Autorid: Kurilshikov, A., Medina-Gomez, C., Bacigalupe, R. jt.
Ajakiri: Nature Genetics
Tutvu artikliga -
Machine Learning Reveals Time-Varying Microbial Predictors with Complex Effects on Glucose Regulation (2021)
Autorid: Oliver Aasmets, O., Lüll, K., Lang, J.M., Pan, C., Kuusisto, J., Fischer, K., Laakso, M., Lusis, A.J., Org, E.
Ajakiri: mSystems
Tutvu artikliga -
The Gut Microbiome in Polycystic Ovary Syndrome and Its Association with Metabolic Traits (2020)
Autorid: Lüll, K., Arffman, R.K., Sola-Leyva, A., Molina, N.M, Aasmets, O., Herzig, K.-H., Plaza-Díaz, J., Franks, S., Morin-Papunen, L., Tapanainen, J.S., Salumets, A., Altmäe, S., Piltonen, T.T., Org, E.
Ajakiri: The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism
Tutvu artikliga -
Relationships between gut microbiota, plasma metabolites, and metabolic syndrome traits in the METSIM cohort (2017)
Autorid: Org, E., Blum, Y., Kasela, S., Mehrabian, M., Kuusisto, J., Kangas, A. J., Lusis, A. J. jt.
Ajakiri: Genome Biology
Tutvu artikliga
