Mikrobioomi töögrupp
Inimese seedetraktis koloniseerub tohutu hulk väga erinevaid mikroorganisme, kes omavad üliolulist rolli meie tervise kujundamisel, mõjutades immuunsüsteemi, ainevahetuse ja närvisüsteemi toimimist. Mikrobioomi koosseisu ja funktsioneerimist mõjutavad paljud erinevad faktorid (sugu, vanus, toit, geneetika, elukeskkond, tervis jne) ning nende seoste mõistmine annab olulised teadmised mikrobioomi põhinevatele uuringutele.
Meie uurimisgrupp tegeleb mikrobioomi ja tervise vaheliste seoste uurimisega, mille käigus püüame hinnata mikrobioomi sobivust haigusi ennetada või varajaselt diagnoosida, leida mikrobioomi seoseid haiguste erinevate staadiumitega ning samuti uurida mikrobioomi mõju ravimite toimimisele.
PI: Elin Org, PhD (Biomeditsiin), kaasprofessor
Elin Org on TÜ genoomika instituudi kaasprofessor ja mikrobioomi uurimisgrupi juht.
Doktorikraad Tartu Ülikooolis biomeditsiini erialal.
2011–2015 järeldoktorantuur UCLA ülikoolis Los Angeleses prof. Aldons J. Lusise uurimisgrupis.
2013 Marie Curie IOF järeldoktori stipendium.
Alates 2015. aastast pöördus tagasi Eestisse ning rajas TÜ genoomika instituuti EMBO installatsiooni grandi ja ETAGi stardigrandi toel oma uurimisgrupi, mille fookuses on inimese mikrobioomi ja tervise vaheliste seoste uurimine.
Kontakt: elin.org@ut.ee
Teadurid ja järeldoktorid
Reidar Andreson
Doktorikraad bioinformaatikas
Teadur
Uurimissuunad: mikrobioomi bioinformaatika, arvutuslik tugi
Oliver Aasmets
Doktorikraad biomeditsiinis
Järeldoktor
Uurimissuunad: ravimi ja mikrobioomi koostoimed, haigusriskide hindamine, statistiline modelleerimine
Doktoritöö: Mikrobioomi väärtus terviseuuringutes
Madis Jaagura
Doktorikraad keemias ja geenitehnoloogias
Järeldoktor
Uurimissuunad: mikrobioomi ja haiguste vahelised seosed, metaboloomika
Doktoritöö: Toitumise ja kiudainete mõju inimese seedetrakti mikrobiootale in vitro ja in vivo
Kreete Lüll
Doktorikraad geenitehnoloogias
Järeldoktor
Uurimissuunad: Eesti mikrobioomi kohort, mikrobioomi roll naiste tervises, endomeetriumi mikrobioom
Doktoritöö: Inimese mikrobioomi mõjutavad faktorid ning seosed naiste tervisega
Doktorandid
Kertu Liis Krigul
Magistrikraad biotehnoloogias
Uurimissuunad: Eesti mikrobioomi kohort, antibiootikumide mõju mikrobioomile ja tervisele, põletikuline soolehaigus, jämesoole vähk
Kateryna Pantiukh
Magistrikraad tsütoloogias ja histoloogias / nanobiotehnoloogias
Uurimissuunad:
Metagenome Assembled Genomes (MAGs), komplekssete molekulaarsete andmete integreerimine
Seungbaek Lee
Magistrikraad keskkonnatehnoloogias
Külalisdoktorant
Uurimissuunad: naiste reproduktiivtervisega seotud põletikuliste biomarkerite uurimine kasutades histoloogilisi, mikrobioloogilisi ja oomikal põhinevaid meetodeid
Magistritudengid
Annabel Raudsepp
Bakalaureusekraad geenitehnoloogias
Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org
Uurimissuunad: mikrobioomi ja ravimite koostoimed teist tüüpi diabeedis, jämesoolevähi mikrobioom
Bakalaureusetöö: Eesti jämesoolevähi sõeluuringu patsientide mikrobioomi koosluste erinevused soole koeproovides (juhendajad Kertu Liis Krigul, Elin Org)
Linda Sootak
Bakalaureusekraad geenitehnoloogias
Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org
Uurimissuunad: loom-mudelite kasutamine mikrobioomi-antibiootikumide uuringutes, suu mikrobioom jämesoole vähi patsientidel
Bakalaureusetöö: Suu mikrobioomi seosed jämesoolevähiga (juhendajad Kertu Liis Krigul, Elin Org)
Bakalaureusetudengid
Claudia Maria Ruhno
- Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org
- Uurimissuunad: Loom-mudelite kasutamine mikrobioomi uuringutes
- Kontakt: claudia.maria.ruhno@ut.ee
Valida Kazimova
- Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Ingrid Reppo, Elin Org
- Uurimissuunad: Mikrobioomi ja ravimite koostoimed teist tüüpi diabeedi puhul
- Kontakt: kazimovavalida01@gmail.com
Johanna Toodu
- Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Tõnis Org, Elin Org
- Uurimissuunad: Riikliku jämesoolevähi sõeluuringu programmi arendamine
- Kontakt: johannatoodu@gmail.com
Vilistlased
Jennifer Neumaier, MSc
- Juhendajad: Oliver Aasmets, Elin Org
- Magistritöö: Benchmarking Machine Learning performances with Microbiome Data
- Kontakt: jennifer.neumaier@t-online.de
Cheung Wai (Alex) Chan, MSc
- Juhendaja: Oliver Aasmets
- Bakalaureusetöö: Gut microbiome in adjustment disorders
- Kontakt: cheung.wai.chan@ut.ee
Kristina Muhu, MSc
- Juhendaja: Oliver Aasmets
- Magistritöö: Log-suhte teisendustel põhinevad ennustusmudelid soolevähi diagnoosimiseks mikrobioomi andmetelt
Triin Bulõgina, BSc
- Juhendaja: Oliver Aasmets
- Bakalaureusetöö: Mikrobioomil põhinevad ennustusmudelid soolevähi diagnoosimiseks
Ülevaade käimasolevatest projektidest
Projekti eesmärgiks on täiendada Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu andmestikku soolestiku ja suu mikroobikoosluse proovidega, mis võimaldaks paremini hinnata inimese tervislikku seisundit ning haigestumise riske. Mikrobioomi andmete sidumine geenidoonorite geneetiliste ning terviseandmetega võimaldab teostada laiapõhjalisemat analüüsi ning aidata kaasa personaalmeditsiini arengule.
Proovi tüübid: sülg, väljaheide, vereplasma
Andmed analüüsimiseks: väljaheiteproovide metagenoom, indiviidide genotüübid, Elektroonilised terviseandmed, geenidoonorite poolt täidetud küsimustikud (tervis, keskkond-elustiil)
Soolehaigused
Uuringu eesmärk on hinnata suu ja soole mikrobioomi seoseid jämesoolevähi patogeneesiga ning võimalusel parandada olemasolevate mitteinvasiivsete diagnostiliste meetodite ennustusväärtust hindamaks soole polüübist jämesoolevähi tekke riski.
Kontakt: Kertu Liis Krigul (kertu.krigul@ut.ee)
The effect of the microbiome to the etiology and treatment of inflammatory bowel diseases
Projekti eesmärk on tuvastada mikrobioomi seoseid põletikuliste soolehaiguste (haavandiline koliit, HK ja Crohni tõbi, CT) patogeneesiga ning hinnata nende haiguste ravi efektiivsust seoses individuaalse soole mikrobioomi profiiliga.
Kontakt: Elin Org (elin.org@ut.ee)
Metaboolsed haigused
Kontakt: Oliver Aasmets (oliver.aasmets@ut.ee)
Kontakt: Elin Org (elin.org@ut.ee)
Naiste reproduktiivtervis ja selle seosed mikrobioomiga
Koostöös Oulu ülikooliga uuriti polütsüstiliste munasarjade sündroomi (PCOS) seost soolestiku mikrobioomiga ning vaadati, kas muutused soolestiku mikrobioomis on sõltuvuses polütsüstiliste sündroomiga seotud metaboolsete tunnustega, nagu kehamassiindeks ja teise tüübi diabeet.
Kontakt: Kreete Lüll (kreete.lull@ut.ee), Seungbaek Lee (seungbaek.lee@oulu.fi)
Projekti eesmärgiks on uurida, kas viljakusprobleemidega naiste, kes on läbinud kehavälise viljastamise (IVF) protseduuri, endomeetriumi koe ning emakasisese vedeliku mikroobikooslus on sarnane. Uuringuga soovime näha, kas endomeetriumi mikroboobikoosluse väljaselgitamiseks on võimalik kasutada koebiopsiast vähem invasiivset emakasisese vedeliku kogumise meetodit. Täiendavalt uurime, kas kroonilise endometriidiga naiste mikrobioom on erinev tervete naiste endometriidi mikroobioomist.
Kontakt: Kreete Lüll (kreete.lull@ut.ee)
Rahastus
- Eesti Teadusagentuuri grandid PUT 1371, PRG1414
- EMBO Installation grant 3573
- European Regional Development Fund Project No. 15-0012 GENTRANSMED
- Estonian Center of Genomics/Roadmap II project No 16-0125
- Biocodex Foundation Grant
- EU Horison-miss-2021-CANCER grant
Meist meedias
- Soolebakterite liigirikkust laastab juba vähene antibiootikumide tarbimine
Novaator
Loe artiklit
- Soolestiku olukord mõjutab inimese tervist oluliselt rohkem, kui siiani on arvatud
Maalehe "Tervist!" taskuhääling
Kuula saadet
- Eestlaste mikroobikooslust võivad mõjutada kümnendi eest võetud ravimid
Novaator / ETV "Terevisioon"
Loe artiklit
- Geenivaramu mikrobioomi uuringus hinnati 2500 geenidoonori soolestiku mikroobide mõju tervisele
Postimees
Loe artiklit
- Rasvumist mõjutavad soolebakterid
Tervis Pluss
Loe artiklit
- Mida teame bakterite ja haiguste põhjuste kohta?
Kuku raadio "Kuue samba taga"
Kuula saadet
- Mikroobide uurimine aitab tõhustada jämesoolevähi ennetust
Novaator
Loe artiklit
- Muutused mikrobiootas võivad viidata diabeedile
Postimees
Loe artiklit
Publikatsioonid
-
Evaluating the clinical relevance of the enterotypes in the Estonian microbiome cohort (2022)
Authorid: Aasmets, O., Krigul, K. L., Org, E.
Ajakiri: Frontiers in Genetics
Tutvu artikliga - Gut metagenome associations with extensive digital health data in a volunteer-based Estonian microbiome cohort (2022)
Autorid: Aasmets, O., Krigul, K.L., Lüll, K., Metspalu, A., Org, E.
Ajakiri: Nature Communications
Tutvu artikliga
-
Differences in microbial profile of endometrial fluid and tissue samples in women with in vitro fertilization failure are driven by Lactobacillus abundance (2022)
Autorid: Lüll, K., Saare, M., Peters, M., Kakhiani, E., Zhdanova, A., Salumets, A., Boyarsky, K., Org, E.
Ajakiri: Acta Obstetricia et Gynecologica Scandinavica
Tutvu artikliga -
Using fecal immunochemical tubes for the analysis of the gut microbiome has the potential to improve colorectal cancer screening (2021)
Autorid: Krigul, K.L., Aasmets, O., Lüll, K., Org, T., Org, E.
Ajakiri: Scientific Reports
Tutvu artikliga -
Large-scale association analyses identify host factors influencing human gut microbiome composition (2021)
Autorid: Kurilshikov, A., Medina-Gomez, C., Bacigalupe, R. jt.
Ajakiri: Nature Genetics
Tutvu artikliga -
Machine Learning Reveals Time-Varying Microbial Predictors with Complex Effects on Glucose Regulation (2021)
Autorid: Oliver Aasmets, O., Lüll, K., Lang, J.M., Pan, C., Kuusisto, J., Fischer, K., Laakso, M., Lusis, A.J., Org, E.
Ajakiri: mSystems
Tutvu artikliga -
The Gut Microbiome in Polycystic Ovary Syndrome and Its Association with Metabolic Traits (2020)
Autorid: Lüll, K., Arffman, R.K., Sola-Leyva, A., Molina, N.M, Aasmets, O., Herzig, K.-H., Plaza-Díaz, J., Franks, S., Morin-Papunen, L., Tapanainen, J.S., Salumets, A., Altmäe, S., Piltonen, T.T., Org, E.
Ajakiri: The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism
Tutvu artikliga -
Relationships between gut microbiota, plasma metabolites, and metabolic syndrome traits in the METSIM cohort (2017)
Autorid: Org, E., Blum, Y., Kasela, S., Mehrabian, M., Kuusisto, J., Kangas, A. J., Lusis, A. J. jt.
Ajakiri: Genome Biology
Tutvu artikliga
