Autor:
Karl Erik Piirimees

Mikrobioomi töögrupp

Inimese seedetraktis koloniseerub tohutu hulk väga erinevaid mikroorganisme, kes omavad üliolulist rolli meie tervise kujundamisel, mõjutades immuunsüsteemi, ainevahetuse ja närvisüsteemi toimimist. Mikrobioomi koosseisu ja funktsioneerimist mõjutavad  paljud erinevad faktorid  (sugu, vanus, toit, geneetika, elukeskkond, tervis jne) ning nende seoste mõistmine annab olulised teadmised mikrobioomi põhinevatele uuringutele.

Meie uurimisgrupp tegeleb mikrobioomi ja tervise vaheliste seoste uurimisega, mille käigus püüame hinnata mikrobioomi sobivust haigusi ennetada või varajaselt diagnoosida, leida mikrobioomi seoseid haiguste erinevate staadiumitega ning samuti uurida mikrobioomi mõju ravimite toimimisele.

 

PI: Elin Org, PhD (Biomeditsiin), kaasprofessor

Image

Elin Org on TÜ genoomika instituudi kaasprofessor ja mikrobioomi uurimisgrupi juht.

Doktorikraad Tartu Ülikooolis biomeditsiini erialal.

2011–2015 järeldoktorantuur UCLA ülikoolis Los Angeleses prof. Aldons J. Lusise uurimisgrupis.

2013 Marie Curie IOF järeldoktori stipendium.

Alates 2015. aastast pöördus tagasi Eestisse ning rajas TÜ genoomika instituuti EMBO installatsiooni grandi ja ETAGi stardigrandi toel oma uurimisgrupi, mille fookuses on inimese mikrobioomi ja tervise vaheliste seoste uurimine.

Kontakt: elin.org@ut.ee

CV

Teadurid ja järeldoktorid

Reidar Anderson

Reidar Andreson
Doktorikraad bioinformaatikas

CV

Teadur

Uurimissuunad: mikrobioomi bioinformaatika, arvutuslik tugi

Oliver Aasmets

Oliver Aasmets
Doktorikraad biomeditsiinis

CV

Järeldoktor

Uurimissuunad: ravimi ja mikrobioomi koostoimed, haigusriskide hindamine, statistiline modelleerimine

Doktoritöö: Mikrobioomi väärtus terviseuuringutes

Madis Jaagura

Madis Jaagura
Doktorikraad keemias ja geenitehnoloogias

CV

Järeldoktor

Uurimissuunad: mikrobioomi ja haiguste vahelised seosed, metaboloomika

Doktoritöö: Toitumise ja kiudainete mõju inimese seedetrakti mikrobiootale in vitro ja in vivo

Kreete Lüll

Kreete Lüll
Doktorikraad geenitehnoloogias

CV

Järeldoktor

Uurimissuunad: Eesti mikrobioomi kohort, mikrobioomi roll naiste tervises, endomeetriumi mikrobioom

Doktoritöö: Inimese mikrobioomi mõjutavad faktorid ning seosed naiste tervisega

Doktorandid

Kertu Liis Krigul

Kertu Liis Krigul
Magistrikraad biotehnoloogias

 

CV

Uurimissuunad: Eesti mikrobioomi kohort, antibiootikumide mõju mikrobioomile ja tervisele, põletikuline soolehaigus, jämesoole vähk

Kateryna Pantiukh

Kateryna Pantiukh
Magistrikraad tsütoloogias ja histoloogias / nanobiotehnoloogias

CV

Uurimissuunad: 
Metagenome Assembled 
Genomes (MAGs), komplekssete molekulaarsete andmete integreerimine

Seungbaek Lee

Seungbaek Lee
Magistrikraad keskkonnatehnoloogias

 

CV

Külalisdoktorant

Uurimissuunad: naiste reproduktiivtervisega seotud põletikuliste biomarkerite uurimine kasutades histoloogilisi, mikrobioloogilisi ja oomikal põhinevaid meetodeid

Magistritudengid

Annabel Raudsepp

Annabel Raudsepp
Bakalaureusekraad geenitehnoloogias

CV

Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org

Uurimissuunad: mikrobioomi ja ravimite koostoimed teist tüüpi diabeedis, jämesoolevähi mikrobioom

Bakalaureusetöö: Eesti jämesoolevähi sõeluuringu patsientide mikrobioomi koosluste erinevused soole koeproovides (juhendajad Kertu Liis Krigul, Elin Org)

Linda Sootak

Linda Sootak
Bakalaureusekraad geenitehnoloogias

CV

Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org

Uurimissuunad: loom-mudelite kasutamine mikrobioomi-antibiootikumide uuringutes, suu mikrobioom jämesoole vähi patsientidel

Bakalaureusetöö: Suu mikrobioomi seosed jämesoolevähiga (juhendajad Kertu Liis Krigul, Elin Org)

Bakalaureusetudengid

Claudia Maria Ruhno 

  • Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org
  • Uurimissuunad: Loom-mudelite kasutamine mikrobioomi uuringutes
  • Kontakt: claudia.maria.ruhno@ut.ee

Valida Kazimova 

  • Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Ingrid Reppo, Elin Org
  • Uurimissuunad: Mikrobioomi ja ravimite koostoimed teist tüüpi diabeedi puhul
  • Kontakt: kazimovavalida01@gmail.com

Johanna Toodu

  • Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Tõnis Org, Elin Org
  • Uurimissuunad: Riikliku jämesoolevähi sõeluuringu programmi arendamine
  • Kontakt: johannatoodu@gmail.com 

 

Vilistlased

Jennifer Neumaier, MSc 

  • Juhendajad: Oliver Aasmets, Elin Org
  • Magistritöö: Benchmarking Machine Learning performances with Microbiome Data
  • Kontakt: jennifer.neumaier@t-online.de 

Cheung Wai (Alex) Chan, MSc 

Kristina Muhu, MSc

Triin Bulõgina, BSc

Ülevaade käimasolevatest projektidest

Projekti eesmärgiks on täiendada Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu andmestikku soolestiku ja suu mikroobikoosluse proovidega, mis võimaldaks paremini hinnata inimese tervislikku seisundit ning haigestumise riske. Mikrobioomi andmete sidumine geenidoonorite geneetiliste ning terviseandmetega võimaldab teostada laiapõhjalisemat analüüsi ning aidata kaasa personaalmeditsiini arengule.

Proovi tüübid: sülg, väljaheide, vereplasma

Andmed analüüsimiseks: väljaheiteproovide metagenoom, indiviidide genotüübid, Elektroonilised terviseandmed, geenidoonorite poolt täidetud küsimustikud (tervis, keskkond-elustiil)

Image

Soolehaigused

Uuringu eesmärk on hinnata suu ja soole mikrobioomi seoseid jämesoolevähi patogeneesiga ning võimalusel parandada olemasolevate mitteinvasiivsete diagnostiliste meetodite ennustusväärtust hindamaks soole polüübist jämesoolevähi tekke riski.

Kontakt: Kertu Liis Krigul (kertu.krigul@ut.ee)

Image

The effect of the microbiome to the etiology and treatment of inflammatory bowel diseases

Projekti eesmärk on tuvastada mikrobioomi seoseid põletikuliste soolehaiguste (haavandiline koliit, HK ja Crohni tõbi, CT) patogeneesiga ning hinnata nende haiguste ravi efektiivsust seoses individuaalse soole mikrobioomi profiiliga.

Kontakt: Elin Org (elin.org@ut.ee)

 

   

Metaboolsed haigused

Kontakt:  Oliver Aasmets (oliver.aasmets@ut.ee)

Image

Kontakt: Elin Org (elin.org@ut.ee)

  

Naiste reproduktiivtervis ja selle seosed mikrobioomiga

Koostöös Oulu ülikooliga uuriti polütsüstiliste munasarjade sündroomi (PCOS) seost soolestiku mikrobioomiga ning vaadati, kas muutused soolestiku mikrobioomis on sõltuvuses polütsüstiliste sündroomiga seotud metaboolsete tunnustega, nagu kehamassiindeks ja teise tüübi diabeet.

Kontakt: Kreete Lüll (kreete.lull@ut.ee), Seungbaek Lee (seungbaek.lee@oulu.fi)

Projekti eesmärgiks on uurida, kas viljakusprobleemidega naiste, kes on läbinud kehavälise viljastamise (IVF) protseduuri, endomeetriumi koe ning emakasisese vedeliku mikroobikooslus on sarnane. Uuringuga soovime näha, kas endomeetriumi mikroboobikoosluse väljaselgitamiseks on võimalik kasutada koebiopsiast vähem invasiivset emakasisese vedeliku kogumise meetodit. Täiendavalt uurime, kas kroonilise endometriidiga naiste mikrobioom on erinev tervete naiste endometriidi mikroobioomist.

Kontakt: Kreete Lüll (kreete.lull@ut.ee)

Rahastus

  • Eesti Teadusagentuuri grandid PUT 1371, PRG1414 
  • EMBO Installation grant 3573
  • European Regional Development Fund Project No. 15-0012 GENTRANSMED
  • Estonian Center of Genomics/Roadmap II project No 16-0125
  • Biocodex Foundation Grant
  • EU Horison-miss-2021-CANCER grant

Meist meedias

  • Soolebakterite liigirikkust laastab juba vähene antibiootikumide tarbimine
    Novaator
    Loe artiklit
  • Soolestiku olukord mõjutab inimese tervist oluliselt rohkem, kui siiani on arvatud
    Maalehe "Tervist!" taskuhääling
    Kuula saadet
  • Eestlaste mikroobikooslust võivad mõjutada kümnendi eest võetud ravimid
    Novaator / ETV "Terevisioon"
    Loe artiklit
  • Geenivaramu mikrobioomi uuringus hinnati 2500 geenidoonori soolestiku mikroobide mõju tervisele
    Postimees
    Loe artiklit
  • Rasvumist mõjutavad soolebakterid
    Tervis Pluss
    Loe artiklit
  • Mida teame bakterite ja haiguste põhjuste kohta?
    Kuku raadio "Kuue samba taga"
    Kuula saadet
  • Mikroobide uurimine aitab tõhustada jämesoolevähi ennetust
    Novaator
    Loe artiklit
  • Muutused mikrobiootas võivad viidata diabeedile
    Postimees
    Loe artiklit

Publikatsioonid

  •  Evaluating the clinical relevance of the enterotypes in the Estonian microbiome cohort (2022)
    Authorid: Aasmets, O., Krigul, K. L., Org, E.
    Ajakiri: Frontiers in Genetics
    Tutvu artikliga

  • Gut metagenome associations with extensive digital health data in a volunteer-based Estonian microbiome cohort (2022)
    Autorid: Aasmets, O., Krigul, K.L., Lüll, K., Metspalu, A., Org, E.
    Ajakiri: Nature Communications
    Tutvu artikliga
  • Differences in microbial profile of endometrial fluid and tissue samples in women with in vitro fertilization failure are driven by Lactobacillus abundance (2022)
    Autorid: Lüll, K., Saare, M., Peters, M., Kakhiani, E., Zhdanova, A., Salumets, A., Boyarsky, K., Org, E.
    Ajakiri: Acta Obstetricia et Gynecologica Scandinavica
    Tutvu artikliga

  • Using fecal immunochemical tubes for the analysis of the gut microbiome has the potential to improve colorectal cancer screening (2021)
    Autorid: Krigul, K.L., Aasmets, O., Lüll, K., Org, T., Org, E.
    Ajakiri: Scientific Reports
    Tutvu artikliga

  • Large-scale association analyses identify host factors influencing human gut microbiome composition (2021)
    Autorid: Kurilshikov, A., Medina-Gomez, C., Bacigalupe, R. jt.
    Ajakiri: Nature Genetics
    Tutvu artikliga

  • Machine Learning Reveals Time-Varying Microbial Predictors with Complex Effects on Glucose Regulation (2021) 
    Autorid: Oliver Aasmets, O., Lüll, K., Lang, J.M., Pan, C., Kuusisto, J., Fischer, K., Laakso, M., Lusis, A.J., Org, E.
    Ajakiri: mSystems
    Tutvu artikliga

  • The Gut Microbiome in Polycystic Ovary Syndrome and Its Association with Metabolic Traits (2020)
    Autorid: Lüll, K., Arffman, R.K., Sola-Leyva, A., Molina, N.M, Aasmets, O., Herzig, K.-H., Plaza-Díaz, J., Franks, S., Morin-Papunen, L., Tapanainen, J.S., Salumets, A., Altmäe, S., Piltonen, T.T., Org, E.
    Ajakiri: The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism
    Tutvu artikliga

  • Relationships between gut microbiota, plasma metabolites, and metabolic syndrome traits in the METSIM cohort (2017)
    Autorid: Org, E., Blum, Y., Kasela, S., Mehrabian, M., Kuusisto, J., Kangas, A. J., Lusis, A. J. jt.
    Ajakiri: Genome Biology
    Tutvu artikliga

#teadus
Beethoveni juuksesalk

Beethoveni genoomi uurimine paljastas seniteadmata andmed helilooja terviseprobleemide ja sugulaste kohta

#teadus #tunnustamine
Olga Utevska

Eestisse tulnud ukrainlanna sai uurimistöö jätkamiseks Euroopa teadusrahastuse

#teadus
Medicine

2022. aasta inimgeneetikas