Skip to main content

Mikrobioomi töögrupp

Inimese seedetraktis koloniseerub tohutu hulk väga erinevaid mikroorganisme, kes omavad üliolulist rolli meie tervise kujundamisel, mõjutades immuunsüsteemi, ainevahetuse ja närvisüsteemi toimimist. Mikrobioomi koosseisu ja funktsioneerimist mõjutavad  paljud erinevad faktorid  (sugu, vanus, toit, geneetika, elukeskkond, tervis jne) ning nende seoste mõistmine annab olulised teadmised mikrobioomi põhinevatele uuringutele.

Meie uurimisgrupp tegeleb mikrobioomi ja tervise vaheliste seoste uurimisega, mille käigus püüame välja selgitada mikrobioomi sobivust haigusi ennetavaks või varajaseks markeriks, leida mikrobioomi seoseid haiguse erinevate staadiumitega ning samuti  hinnata mikrobioomi seoseid ravimite toimele.

Ülevaade töögrupist

Elin Org

Elin Org

PhD, kaasprofessor

Töögrupi juht

Oliver Aasmets

Oliver Aasmets

Doktorant

MSc, matemaatika ja statistika

Projektid:
Eestlaste mikrobioomi projekt,
Metaboolsed haigused,

Mikrobioomi mõju põletikuliste soolehaiguste kujunemisele ning ravile

Kertu Liis Krigul

Kertu Liis Krigul

Doktorant

MSc, biotehnoloogia

Projektid:
Eestlaste mikrobioomi projekt,
Mikrobioomi mõju põletikuliste soolehaiguste kujunemisele ning ravile,
Mikrobioomi roll jämesoolevähi tekkes

Kreete Lüll

Kreete Lüll

Doktorant

MSc, geenitehnoloogia

Projektid:
Eestlaste mikrobioomi projekt,
Metaboolsed haigused,
Polütsüstiliste munasarjade sündroomi seosed mikrobioomiga,
Endomeetriumi mikrobioomi projekt

Magistritudengid

Annabel Raudsepp

BSc, geenitehnoloogia

Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org

Projekid:
Mikrobioomi mõju põletikuliste soolehaiguste kujunemisele ning ravile,
Mikrobioomi roll jämesoolevähi tekkes

Jennifer Neumaier

BSc

Juhendajad: Oliver Aasmets, Elin Org

Projektid: 
Metaboolsed haigused

Cheung Wai (Alex) Chan

BSc

Juhendajad: Oliver Aasmets, Elin Org

Projektid:
Vaimse tervise seosed mikrobioomi muutustega

Bakalaureusetudengid

Valida Kazimova

Science and Technology (3. aasta)

Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org

Projektid: Diabeedi ravimid

Linda Sootak

Geenitehnoloogia (3. aasta)

Juhendajad: Kertu Liis Krigul, Elin Org

Projektid: Mikrobioomi roll jämesoolevähi tekkes

Ülevaade käimasolevatest projektidest

Projekti eesmärgiks on täiendada Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu andmestikku soolestiku ja suu mikroobikoosluse proovidega, mis võimaldaks paremini hinnata inimese tervislikku seisundit ning haigestumise riske. Mikrobioomi andmete sidumine geenidoonorite geneetiliste ning terviseandmetega võimaldab teostada laiapõhjalisemat analüüsi ning aidata kaasa personaalmeditsiini arengule.

Proovi tüübid: sülg, väljaheide, vereplasma

Andmed analüüsimiseks: väljaheiteproovide metagenoom, indiviidide genotüübid, Elektroonilised terviseandmed, geenidoonorite poolt täidetud küsimustikud (tervis, keskkond-elustiil)

Image

Soolehaigused

Uuringu eesmärk on hinnata suu ja soole mikrobioomi seoseid jämesoolevähi patogeneesiga ning võimalusel parandada olemasolevate mitteinvasiivsete diagnostiliste meetodite ennustusväärtust hindamaks soole polüübist jämesoolevähi tekke riski.

Kontakt: Kertu Liis Krigul (kertu.krigul@ut.ee)

Image

The effect of the microbiome to the etiology and treatment of inflammatory bowel diseases

Projekti eesmärk on tuvastada mikrobioomi seoseid põletikuliste soolehaiguste (haavandiline koliit, HK ja Crohni tõbi, CT) patogeneesiga ning hinnata nende haiguste ravi efektiivsust seoses individuaalse soole mikrobioomi profiiliga.

Kontakt: Elin Org (elin.org@ut.ee)

 

   

Metaboolsed haigused

Kontakt:  Oliver Aasmets (oliver.aasmets@ut.ee)

Image

Kontakt: Elin Org (elin.org@ut.ee)

  

Naiste reproduktiivtervis ja selle seosed mikrobioomiga

Koostöös Oulu ülikooliga uuriti polütsüstiliste munasarjade sündroomi (PCOS) seost soolestiku mikrobioomiga ning vaadati, kas muutused soolestiku mikrobioomis on sõltuvuses polütsüstiliste sündroomiga seotud metaboolsete tunnustega, nagu kehamassiindeks ja teise tüübi diabeet.

Kontakt: Kreete Lüll (kreete.lull@ut.ee)

Projekti eesmärgiks on uurida, kas viljakusprobleemidega naiste, kes on läbinud kehavälise viljastamise (IVF) protseduuri, endomeetriumi koe ning emakasisese vedeliku mikroobikooslus on sarnane. Uuringuga soovime näha, kas endomeetriumi mikroboobikoosluse väljaselgitamiseks on võimalik kasutada koebiopsiast vähem invasiivset emakasisese vedeliku kogumise meetodit. Täiendavalt uurime, kas kroonilise endometriidiga naiste mikrobioom on erinev tervete naiste endometriidi mikroobioomist.

Kontakt: Kreete Lüll (kreete.lull@ut.ee)

Publikatsioonid

  • Gut metagenome associations with extensive digital health data in a volunteer-based Estonian microbiome cohort (2022)
    Autorid: Aasmets, O., Krigul, K.L., Lüll, K., Metspalu, A., Org, E.
    Ajakiri: Nature Communications
    Tutvu artikliga
  • Differences in microbial profile of endometrial fluid and tissue samples in women with in vitro fertilization failure are driven by Lactobacillus abundance (2022)
    Autorid: Lüll, K., Saare, M., Peters, M., Kakhiani, E., Zhdanova, A., Salumets, A., Boyarsky, K., Org, E.
    Ajakiri: Acta Obstetricia et Gynecologica Scandinavica
    Tutvu artikliga

  • Using fecal immunochemical tubes for the analysis of the gut microbiome has the potential to improve colorectal cancer screening (2021)
    Autorid: Krigul, K.L., Aasmets, O., Lüll, K., Org, T., Org, E.
    Ajakiri: Scientific Reports
    Tutvu artikliga

  • Large-scale association analyses identify host factors influencing human gut microbiome composition (2021)
    Autorid: Kurilshikov, A., Medina-Gomez, C., Bacigalupe, R. jt.
    Ajakiri: Nature Genetics
    Tutvu artikliga

  • Machine Learning Reveals Time-Varying Microbial Predictors with Complex Effects on Glucose Regulation (2021) 
    Autorid: Oliver Aasmets, O., Lüll, K., Lang, J.M., Pan, C., Kuusisto, J., Fischer, K., Laakso, M., Lusis, A.J., Org, E.
    Ajakiri: mSystems
    Tutvu artikliga

  • The Gut Microbiome in Polycystic Ovary Syndrome and Its Association with Metabolic Traits (2020)
    Autorid: Lüll, K., Arffman, R.K., Sola-Leyva, A., Molina, N.M, Aasmets, O., Herzig, K.-H., Plaza-Díaz, J., Franks, S., Morin-Papunen, L., Tapanainen, J.S., Salumets, A., Altmäe, S., Piltonen, T.T., Org, E.
    Ajakiri: The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism
    Tutvu artikliga

  • Relationships between gut microbiota, plasma metabolites, and metabolic syndrome traits in the METSIM cohort (2017)
    Autorid: Org, E., Blum, Y., Kasela, S., Mehrabian, M., Kuusisto, J., Kangas, A. J., Lusis, A. J. jt.
    Ajakiri: Genome Biology
    Tutvu artikliga

#teadus
Gene Forum 2022

Rahvusvaheline teaduskonverents Geenifoorum tuleb taas

Jaga
21.06.2022
#teadus #ühiskonnale
Doktoridiplomite kaaned

Ludovica Molinaro kaitseb doktoritööd „Eesti, Euroopa ja üleilmsete inimgenoomide geneetilise päritolu kihtide lahtikaevamine“

Jaga
02.06.2022
#juhtimine #teadus

Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu teaduskomitee

TÜ Eesti geenivaramu teaduskomitee nõustab genoomika instituudi nõukogu ja juhtkonda geenivaramu projekti teaduslikke aspekte puudutavates küsimustes
Jaga
16.05.2022