Oleme alates 2006. aastast pakkunud erinevaid sekveneerimise ning genotüüpimise teenuseid. Meile teadaolevalt oleme Eestis ainus Sanger-tüüpi sekveneerimise teenusepakkuja.
Teenused jaotuvad kaheks - DNA sekveneerimise täisteenuseks ja kapillaarelektroforeesiks. Esimese puhul viime läbi sekveneerimisreaktsiooni ja sellele järgneva uurimismaterjali ettevalmistamise, teise puhul lähevad tellija poolt ette valmistatud materjalid otse analüsaatorisse.
Analüüse viime läbi Applied Biosystemsi kapillaarelektroforeesimasinatel.
PS! Kiirteenuse tellimiseks peavad materjalid jõudma laborisse hiljemalt kl 9 hommikul.
DNA sekveneerimise täisteenuse puhul saadab tellija meile oma uuritava PCR-i produkti või plasmiidi ning sekveneerimispraimerid (või valib praimeri meie poolt pakutavate universaalpraimerite hulgast). Meetodi põhimõttega saate tutvuda siin.
Sekveneerimist viime läbi Applied Biosystems 3130xl Genetic Analyzer'il ja kahel Applied Biosystems 3730xl DNA Analyzer masinal.
Pakk DNA, praimerite ning tellimislehega saata:
TÜ GI tuumiklabor
Riia mnt 23b-302
51010 Tartu
Kui toote saadetise ise ära, siis ootame neid Riia maantee poolse valvuri juures olevasse külmkappi (kapp märgistatud sildiga "Sekveneerimine").
| Praimer | Järjestus | ap |
| ITS4 | TCCTCCGCTTATTGATATGC | 20 |
| ITS5 | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG | 22 |
| M13F | GTAAAACGACGGCCAGT | 17 |
| M13F-pUC(-40) | GTTTTCCCAGTCACGAC | 17 |
| M13R | GCGGATAACAATTTCACACAGG | 22 |
| M13R-pUC(-40) | CAGGAAACAGCTATGAC | 17 |
| pJET1.2F | CGACTCACTATAGGGAGAGCGGC | 23 |
| pJET1.2R | AAGAACATCGATTTTCCATGGCAG | 24 |
| SP6 | ATTTAGGTGACACTATAG | 18 |
| T3 | ATTAACCCTCACTAAAG | 17 |
| T7 | AATACGACTCACTATAG | 17 |
| T7promoter | TAATACGACTCACTATAGGG | 20 |
| T7terminator | GCTAGTTATTGCTCAGCGG | 19 |
Kapillaarelektroforeesi viime läbi Applied Biosystems 3130xl Genetic Analyzer masinaga.
Sekveneerime ka teie poolt valmistatud reaktsiooniprodukte. Produktid peavad olema valmistatud kasutades BigDye® Terminator v3.1 (erandjuhul ja sellekohase märkega ka BigDye® Terminator v1.1) ensüümimiksi, puhastatud üleliigsetest praimeritest ja nukleotiididest ning suspendeeritud 10 μL formamiidis (70% formamiid või Applied Biosystemsi Hi-DiTM formamiid).
Tellimuse esitamiseks pole saatelehte vaja täita.
Saatke proovide nimekiri kapillaar@ebc.ee aadressile *.txt failina, lisades juurde ka teenuse eest tasuja.
Peale sekveneerimise viime läbi ka mikrosatelliitide analüüsi, MLPA analüüsi, genotüpeerimist (Applied Biosystems SNaPshot Multiplex System) jm.
Tellimuse esitamiseks pole saatelehte vaja täita, saatke proovide nimekiri kapillaar@ebc.ee aadressile *.txt failina, lisades juurde ka teenuse eest tasuja ning kasutatud märgiste kombinatsioon.
Teenust saab tellida ka nii, et kasutate meie poolt pakutavat ROX 500, LIZ 500 või LIZ 1200 pikkusmarkerit.
Üldjuhul valmistab klient uuritava materjali ette kuni analüüsi läbiviimiseni, meie teostame vaid proovide denatureerimist vahetult enne analüüsi.
Võimalikud värvikombinatsioonid:
| Filter | Dye set | Sinine | Roheline | Kollane | Punane | Pikkusmarker |
| D | DS-30 | 6FAM | HEX | NED | ROX | |
| G5 | DS-33 | 6FAM | VIC | NED | PET | LIZ |
| E5 | DS-02 | dR110 | dR6G | dTAMRA | dROX | LIZ |
| 4Dye | Custom | 6FAM | HEX | TAMRA | ROX | |
| 5Dye | Custom | FL | JOE | TMR-ET | CXR-ET | WEN |
| F | Promega | FL | JOE | TMR | CXR |
NB! Pikkusmarker lisatakse igasse proovi. Fragmentanalüüsi proovide resuspendeerimisel tuleb kvaliteetse tulemuse saamiseks kasutada Applied Biosystemsi Hi-Di formamiidi.
Minimaalne tellimuse suurus on 16 proovi.
Fragmentanalüüsi meetodite laia valiku tõttu palume enne esimese tellimuse tegemist meiega aadressil kapillaar@ebc.ee ühendust võtta, et plaanid läbi rääkida.