Maarja Jõeloo kaitseb doktoritööd „Arengud mikrokiibipõhiste koopiaarvu variatsioonide tuvastamises ja fenotüüpidega seostamises“

31. mail kell 10.15 kaitseb Maarja Jõeloo doktoritööd „Arengud mikrokiibipõhiste koopiaarvu variatsioonide tuvastamises ja fenotüüpidega seostamises“ („Advances in microarray-based copy number variation discovery and phenotypic associations“).

Juhendajad:
professor Reedik Mägi, Tartu Ülikool
professor Andres Metspalu, Tartu Ülikool
professor Andres Salumets, Tartu Ülikool
professor Andrew P. Morris, Manchesteri Ülikool (Suurbritannia)

Oponent:
Elliott G. Rees, Cardiffi Ülikool (Suurbritannia)

Kokkuvõte:
Bioloogiatunnis õpetatakse, et igal inimesel on kogu DNA-st kaks koopiat – üks emalt, teine isalt. Uurides genoomi lähemalt, võib aga mitmete DNA piirkondade puhul näha sellest reeglist kõrvalekaldeid. Neid põhjustavad muutused inimese genoomis, mille tulemusena on mingi DNA piirkond kadunud või mitmekordistunud, ning mida nimetatakse DNA koopiaarvu variatsioonideks (ingl copy number variation, CNV). Algselt seostati CNV-sid eelkõige raskekujuliste arenguhäiretega, kuid nüüdseks on teada, et CNV piirkondi leidub kõigi inimeste DNA-s. Sellest hoolimata on CNV-de mõju inimese terviseriskidele hinnatud märkimisväärseks. Et nende efekti paremini selgitada, oleme oma töös keskendunud CNV-de analüüsimetoodika arendamisele ning CNV-de ja haiguste ning muude meditsiiniliselt oluliste tunnuste vaheliste seoste tuvastamisele. CNV piirkondade määramine on arvutuslikult keerukas ning valepositiivsete leidude osakaal on suur. Et hinnata iga leitud CNV piirkonna usaldusväärsust, lõime kvaliteedimudeli, mille kasutamine suurendas oluliselt CNV-de ning huvipakkuvate tunnuste vaheliste seoste tuvastamise võimekust. Ülejäänud töös keskendusimegi selliste seoste leidmisele. Koostöös erinevate andmekogude ja biopankadega tuvastasime kokku mitusada seost CNV-de ning mitmete haiguste ja muude tunnuste vahel. Nägime, et tihti on üks CNV seotud mitme väga erineva haiguse või tunnusega. Ühte sellist, inimese 16. kromosoomis paiknevat CNV-d, mida oli varasemalt seostatud autismi, skisofreenia, pea ümbermõõdu ja kehamassiindeksiga, seostasime lausa 38 eri tunnusega, sealhulgas puberteedi alguse vanusega. Piirkonda lähemalt uurides leidsime sealt kaks geeni, millele ennustasime põhjuslikku mõju puberteedieale. Kokkuvõttes parendab meie töö CNV-de määramise metoodikat ning annab ülevaate haiguste ja muude tunnustega seotud uutest CNV-dest ning nendes paiknevatest põhjuslikest geenidest. Nende analüüsidega astume sammu lähemale huvipakkuvate tunnuste geneetilise tagapõhja täielikule määramisele.

Doktoritöö kaitsmise link Zoomis: https://ut-ee.zoom.us/j/94278626253?pwd=QndYajc1OEFhdkJra1ZGSWx5T0ZyUT09