Genoomika nooremteadur leidis üle 300 uue bakteriliigi

Teadusele seni tundmatuid bakteritüvesid leidub kõikjal. Tartu Ülikooli doktorant Kateryna Pantiukh järjendas mitukümmend tuhat bakterigenoomi ja leidis 330 päris uut bakteriliiki. Novaator on tõlkinud eesti keelde Kateryna peetud ettekande ülikooli kolme minuti loengute konkursil. 

Bakterid on kõikjal. Minu käsi võib küll näida tühi, kuid tegelikult kubiseb see miljonitest tillukestest asukatest. Nemad elavad oma elu: konkureerivad, jagavad toitu ja annavad elu järgmisele põlvkonnale. Mina tahan neist väikestest tegelastest kõike teada, sest nende mõju meie tervisele on suur. Kas bakterite uurimiseks võiks aga leiduda ka nende laboris kasvatamisest mõni nutikam viis?

Igal bakteril on oma genoom. See on justkui kasutusjuhend igaks vähegi mõeldavaks elujuhtumiks. Juhend on küll kirja pandud keeles, mida me veel päriselt ei mõista, kuid mõnda kohta tekstis oskame juba lugeda.

Oma doktoritöö jaoks teen koostööd Eesti Geenivaramuga. Võtan väikese jupi genoomi ja hakkan seda vaatama erinevate nurkade alt. Hindan selle jupi juures kõikvõimalikke omadusi. Kui sageli esineb selles jupis iga nukleotiidi? Kui palju sellised juppe minu proovis leidub? Ehk leidub selles jupis minu jaoks juba varem nähtud mustreid?

See pusle kokku panemist meenutav protsess kannab tegelikult keerukat nime: metagenoomi kokkupanek. Selle tulemusel tulebki kokku bakterigenoom – ühte konkreetset bakterit kirjeldav kasutusjuhend.

Image

Kulutasin nende puslede kokkupanekule terve aasta jagu aega ja sadade gigabaitide jagu arvutimälu. Nüüd on mul ühtekokku 84 527 bakterigenoomi.

Lõpuks on niimoodi võimalik saada pilt täiesti uuest bakterist. Just teie võite olla esimene inimene maailmas, kes mõne bakteri genoomi näeb. Ühtlasi saate kohe sellest genoomist välja lugeda, kuidas iga konkreetne bakter elab, mida sööb ja kuidas teiste bakteritega suhtleb.

Leidsin oma puslepaneku käigus 330 uut bakterit. Enamgi veel, leidsin ka teisi mikroorganisme, kes peaksid elutsema äärmuslikes tingimustes – näiteks vulkaanides. Mina aga leidsin nende genoomid inimese soolestikust – nii rullubki vaataja silme ees lahti terve ennenägematu maailm.

Kateryna Pantiukh on Tartu Ülikooli genoomika nooremteadur, kes osales oma lühiloenguga rahvusvahelise Coimbra Groupi kolme minuti loengute konkursi Tartu Ülikooli eelvoorus.

Vaata Kataryna loengut UTTV-st.