Vana DNA analüüsi teenused

Tartu Ülikooli genoomika tuumiklabor pakub arheoloogiliste, ajalooliste ja keskkonnaproovide uurimise jaoks vana DNA eraldamise, sekveneerimisraamatukogude ettevalmistamise, sekveneerimise ning andmeanalüüsi teenuseid. Meie spetsiaalne puhasruumide kompleks võimaldab degradeerunud DNA kontrollitud töötlemist inimese, looma-, taime- ja setteproovidest.

Miks teha meiega koostööd?

Spetsiaalne vana DNA labor
Vana DNA labori spetsiaalne puhasruumide kompleks loodi 2018. aastal. Labor on kavandatud üksnes tugevalt degradeerunud arheoloogilise ja ajaloolise materjali kontrollitud töötlemiseks. Proovide ettevalmistamiseks, DNA eraldamiseks, sekveneerimisraamatukogude ettevalmistamiseks ja puhastamiseks kasutatakse eraldi positiivse rõhu ja sõltumatu ventilatsioonisüsteemiga loodud ruume.

Rahvusvaheline arheogenoomika teadustöö
Meie teadustöö on ülemaailmne ning hõlmab ajaperioode paleoliitikumist kuni uusajani. Vana DNA laboris saadud andmed on kaasatud rahvusvahelistesse arheogenoomika uuringutesse, mille tulemused on avaldatud juhtivates teadusajakirjades.

Integreeritud labori- ja bioinformaatika tugi
Laborispetsialistid töötavad koostöös teadlastega alates proovide valimisest ja DNA eraldamisest kuni sekveneerimise ja esmase bioinformaatilise analüüsini.

Tegevusvaldkonnad

• Arheogenoomika

• Vana DNA autentsuse ja saastatuse hindamine

• Inimese vana DNA uuringud

• Loomade vana DNA uuringud

• Taimede vana DNA uuringud

• Setete vana DNA uuringud

• Muistsete patogeenide uurimine

Pakutavad teenused

1. Vana DNA eraldamine ja esmane sekveneerimine
Sobib DNA olemasolu ja kvaliteedi hindamiseks ning esmaste analüüside läbiviimiseks vajalike andmete genereerimiseks.

Sisaldab

• Luu-, hambakivi- või juukseproovide ettevalmistamist (10 kuni 300 mg)

• Dekontamineerimist

• DNA eraldamist

• Ekstrakti puhastamist (lõppmaht 100 μl)

• Kahekordse indeksiga mitte-UDG raamatukogu valmistamist

• Raamatukogu kvantifitseerimist

• Sekveneerimist Illumina NextSeq 2000 platvormil (u. 20M 100 nt järjestust)

2. Vana DNA eraldamine ja sekveneerimisraamatukogude valmistamine
Sobib projektidele, kus on vaja vana DNA eraldamist ja sekveneerimisraamatukogude ettevalmistamist, kuid mille raames sekveneerimine toimub mujal või erikokkulepete alusel.

Sisaldab

• Luu-, hambakivi- või juukseproovide ettevalmistamist (10 kuni 300 mg)

• Dekontamineerimist

• DNA eraldamist

• Ekstrakti puhastamist (lõppmaht 100 μl)

• Kahekordse indeksiga mitte-UDG raamatukogu valmistamist

• Raamatukogu kvantifitseerimist

3. Inimese vana DNA esmane andmeanalüüs
Sobib projektidele, mille raames ei ole kavas laialdasi analüüse või kui nende läbiviimine toimub koostöö raames ning sõltub esmastest analüüsitulemustest.

Sisaldab

• Proovi säilivuse ja autentsuse hindamine

• Geneetilise soo määramine

• Mitokondriaalse DNA haplogrupi määramine

• Y-kromosoomi haplogrupi määramine

• Sugulusastme hindamine

Analüüside kättesaadavus sõltub sekveneerimiskatvusest ja andmete kvaliteedist.

Labor

Vana DNA labor hõlmab spetsiaalseid puurimis- ja eraldamisruume, puhastus- ja raamatukogude ettevalmistamise ruume ning eraldi reagentide ettevalmistamise ruumi. Puhasruumides on positiivse rõhk ja sõltumatu ventilatsioonisüsteem. Laboris toimuvat puudutav info on integreeritud proovijälgimise andmebaasi.

Raamatukogude amplifitseerimine ja puhastamine toimub spetsiaalsetes laboriruumides, mis on füüsiliselt eraldatud DNA eraldamise aladest. Sekveneerimine viiakse läbi genoomika tuumiklabori sekveneerimisplatvormidel.

Kohandatud töövood

Vastavalt projekti vajadustele pakume alternatiivseid raamatukogude valmistamise protokolle, sealhulgas osalist UDG ja täielikku UDG töötlust. Soovi korral on võimalik kasutada ka kohandatud sekveneerimisstrateegiaid, sekveneerimissügavusi ja lugemimahtusid.

Kavandate vana DNA projekti?

Meie meeskond aitab hinnata proovide sobivust, soovitada uuringu eesmärkidele vastavaid töövooge ning koostada optimaalse sekveneerimisstrateegia teie teadusprojekti jaoks.

Image